Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os06g41770.1LOC_Os06g41770
LOC_Os11g05640.1LOC_Os11g05640
LOC_Os09g31390.1LOC_Os09g31390
LOC_Os09g31390.2LOC_Os09g31390
LOC_Os09g31390.3LOC_Os09g31390
LOC_Os09g10840.2LOC_Os09g10840
LOC_Os09g10840.1LOC_Os09g10840
LOC_Os06g41100.1LOC_Os06g41100
LOC_Os02g10140.1LOC_Os02g10140
LOC_Os12g05680.1LOC_Os12g05680
LOC_Os11g05480.1LOC_Os11g05480
LOC_Os05g37170.1LOC_Os05g37170
LOC_Os05g37170.5LOC_Os05g37170
LOC_Os05g37170.2LOC_Os05g37170
LOC_Os05g37170.3LOC_Os05g37170
LOC_Os05g37170.4LOC_Os05g37170
LOC_Os05g37170.8LOC_Os05g37170
LOC_Os05g37170.6LOC_Os05g37170
LOC_Os01g64020.2LOC_Os01g64020
LOC_Os01g64020.1LOC_Os01g64020
LOC_Os08g07970.1LOC_Os08g07970
LOC_Os08g07970.3LOC_Os08g07970
LOC_Os08g07970.2LOC_Os08g07970
LOC_Os04g54474.3LOC_Os04g54474
LOC_Os04g54474.2LOC_Os04g54474
LOC_Os04g54474.1LOC_Os04g54474
LOC_Os01g59350.2LOC_Os01g59350
LOC_Os01g59350.1LOC_Os01g59350
LOC_Os01g17260.2LOC_Os01g17260
LOC_Os01g17260.1LOC_Os01g17260
LOC_Os07g48820.2LOC_Os07g48820
LOC_Os07g48820.1LOC_Os07g48820
LOC_Os06g15480.2LOC_Os06g15480
LOC_Os06g15480.1LOC_Os06g15480
LOC_Os06g50310.1LOC_Os06g50310
LOC_Os05g41540.1LOC_Os05g41540
LOC_Os01g58760.1LOC_Os01g58760
LOC_Os07g44950.1LOC_Os07g44950
LOC_Os05g34050.1LOC_Os05g34050
LOC_Os02g10860.1LOC_Os02g10860
LOC_Os06g39960.1LOC_Os06g39960
LOC_Os01g07880.1LOC_Os01g07880
LOC_Os09g34060.1LOC_Os09g34060
LOC_Os04g41820.1LOC_Os04g41820
LOC_Os08g43090.1LOC_Os08g43090
LOC_Os09g34880.1LOC_Os09g34880
LOC_Os04g10260.1LOC_Os04g10260
LOC_Os10g38820.1LOC_Os10g38820
LOC_Os03g03550.1LOC_Os03g03550
LOC_Os11g06170.2LOC_Os11g06170
LOC_Os12g06520.1LOC_Os12g06520
LOC_Os11g06170.1LOC_Os11g06170
LOC_Os07g48180.1LOC_Os07g48180
LOC_Os03g21800.2LOC_Os03g21800
LOC_Os03g21800.1LOC_Os03g21800
LOC_Os12g09250.1LOC_Os12g09250
LOC_Os11g11100.1LOC_Os11g11100
LOC_Os01g55150.1LOC_Os01g55150
LOC_Os02g14910.1LOC_Os02g14910
LOC_Os01g11350.1LOC_Os01g11350
LOC_Os01g64730.1LOC_Os01g64730
LOC_Os05g36160.2LOC_Os05g36160
LOC_Os05g36160.1LOC_Os05g36160
LOC_Os07g48660.1LOC_Os07g48660
LOC_Os03g20650.1LOC_Os03g20650
LOC_Os05g41070.1LOC_Os05g41070
LOC_Os01g59760.1LOC_Os01g59760
LOC_Os01g64000.3LOC_Os01g64000
LOC_Os01g64000.2LOC_Os01g64000
LOC_Os01g64000.1LOC_Os01g64000
LOC_Os09g28310.1LOC_Os09g28310
LOC_Os08g36790.1LOC_Os08g36790
LOC_Os06g10880.2LOC_Os06g10880
LOC_Os06g10880.3LOC_Os06g10880
LOC_Os06g10880.1LOC_Os06g10880
LOC_Os02g52780.2LOC_Os02g52780
LOC_Os02g52780.1LOC_Os02g52780
LOC_Os09g36910.1LOC_Os09g36910
LOC_Os02g58670.1LOC_Os02g58670
LOC_Os06g50480.1LOC_Os06g50480
LOC_Os06g50830.1LOC_Os06g50830
LOC_Os06g50600.2LOC_Os06g50600
LOC_Os06g50600.1LOC_Os06g50600
LOC_Os08g43600.1LOC_Os08g43600
LOC_Os03g19375.1LOC_Os03g19375
LOC_Os03g19370.1LOC_Os03g19370
LOC_Os01g36220.1LOC_Os01g36220
LOC_Os12g37415.1LOC_Os12g37415
LOC_Os12g37410.1LOC_Os12g37410
LOC_Os05g03865.1LOC_Os05g03865
LOC_Os05g03860.1LOC_Os05g03860
LOC_Os02g03960.1LOC_Os02g03960
LOC_Os08g26880.1LOC_Os08g26880
LOC_Os09g13575.1LOC_Os09g13575
LOC_Os09g13570.1LOC_Os09g13570
LOC_Os02g09830.1LOC_Os02g09830
LOC_Os06g42690.1LOC_Os06g42690
LOC_Os07g03220.1LOC_Os07g03220
LOC_Os03g56010.1LOC_Os03g56010
LOC_Os12g43790.1LOC_Os12g43790
LOC_Os03g47200.1LOC_Os03g47200
LOC_Os09g29820.1LOC_Os09g29820
LOC_Os02g49560.1LOC_Os02g49560
LOC_Os08g38020.1LOC_Os08g38020
LOC_Os12g40920.1LOC_Os12g40920
LOC_Os12g40920.4LOC_Os12g40920
LOC_Os12g40920.3LOC_Os12g40920
LOC_Os07g08420.1LOC_Os07g08420
LOC_Os03g58250.1LOC_Os03g58250
LOC_Os06g45140.2LOC_Os06g45140
LOC_Os06g45140.3LOC_Os06g45140
LOC_Os06g45140.1LOC_Os06g45140
LOC_Os02g16680.2LOC_Os02g16680
LOC_Os02g16680.1LOC_Os02g16680
LOC_Os02g07840.2LOC_Os02g07840
LOC_Os02g07840.1LOC_Os02g07840
LOC_Os03g13614.3LOC_Os03g13614
LOC_Os03g13614.2LOC_Os03g13614
LOC_Os03g13614.1LOC_Os03g13614
LOC_Os12g13170.2LOC_Os12g13170
LOC_Os12g13170.1LOC_Os12g13170
LOC_Os02g03580.3LOC_Os02g03580
LOC_Os02g03580.1LOC_Os02g03580
LOC_Os05g49420.1LOC_Os05g49420
LOC_Os01g46970.2LOC_Os01g46970
LOC_Os01g46970.1LOC_Os01g46970
LOC_Os03g59460.1LOC_Os03g59460
LOC_Os07g10890.2LOC_Os07g10890
LOC_Os07g10890.1LOC_Os07g10890