Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os01g18870.1LOC_Os01g18870
LOC_Os04g51070.1LOC_Os04g51070
LOC_Os01g56690.1LOC_Os01g56690
LOC_Os03g53020.1LOC_Os03g53020
LOC_Os04g31290.1LOC_Os04g31290
LOC_Os02g49480.1LOC_Os02g49480
LOC_Os09g29930.3LOC_Os09g29930
LOC_Os09g29930.2LOC_Os09g29930
LOC_Os09g29930.1LOC_Os09g29930
LOC_Os08g38210.2LOC_Os08g38210
LOC_Os08g38210.1LOC_Os08g38210
LOC_Os08g38210.4LOC_Os08g38210
LOC_Os08g38210.5LOC_Os08g38210
LOC_Os12g40630.1LOC_Os12g40630
LOC_Os09g25040.1LOC_Os09g25040
LOC_Os03g58330.1LOC_Os03g58330
LOC_Os06g08500.1LOC_Os06g08500
LOC_Os02g55250.1LOC_Os02g55250
LOC_Os02g35660.1LOC_Os02g35660
LOC_Os06g09370.3LOC_Os06g09370
LOC_Os06g09370.2LOC_Os06g09370
LOC_Os06g09370.1LOC_Os06g09370
LOC_Os08g42470.1LOC_Os08g42470
LOC_Os09g33580.2LOC_Os09g33580
LOC_Os09g33580.1LOC_Os09g33580
LOC_Os05g01256.2LOC_Os05g01256
LOC_Os05g01256.1LOC_Os05g01256
LOC_Os03g12940.2LOC_Os03g12940
LOC_Os03g12940.1LOC_Os03g12940
LOC_Os03g51910.1LOC_Os03g51910
LOC_Os08g38080.1LOC_Os08g38080
LOC_Os09g29830.2LOC_Os09g29830
LOC_Os09g29830.1LOC_Os09g29830
LOC_Os09g29830.3LOC_Os09g29830
LOC_Os06g16400.2LOC_Os06g16400
LOC_Os06g16400.1LOC_Os06g16400
LOC_Os07g09590.1LOC_Os07g09590
LOC_Os03g58830.1LOC_Os03g58830
LOC_Os04g28280.1LOC_Os04g28280
LOC_Os08g41320.1LOC_Os08g41320
LOC_Os09g32510.5LOC_Os09g32510
LOC_Os09g32510.4LOC_Os09g32510
LOC_Os09g32510.1LOC_Os09g32510
LOC_Os09g32510.2LOC_Os09g32510
LOC_Os09g32510.3LOC_Os09g32510
LOC_Os01g68700.2LOC_Os01g68700
LOC_Os01g68700.1LOC_Os01g68700
LOC_Os02g47660.1LOC_Os02g47660
LOC_Os12g32400.1LOC_Os12g32400
LOC_Os11g41640.1LOC_Os11g41640
LOC_Os12g39850.1LOC_Os12g39850
LOC_Os03g42100.1LOC_Os03g42100
LOC_Os03g55550.1LOC_Os03g55550
LOC_Os07g39940.1LOC_Os07g39940
LOC_Os03g10770.1LOC_Os03g10770
LOC_Os06g30090.1LOC_Os06g30090
LOC_Os02g48060.1LOC_Os02g48060
LOC_Os01g02110.1LOC_Os01g02110
LOC_Os03g39432.2LOC_Os03g39432
LOC_Os03g39432.1LOC_Os03g39432
LOC_Os01g61480.1LOC_Os01g61480
LOC_Os08g01700.1LOC_Os08g01700
LOC_Os09g28210.1LOC_Os09g28210
LOC_Os08g36740.1LOC_Os08g36740
LOC_Os06g10820.1LOC_Os06g10820
LOC_Os05g46370.1LOC_Os05g46370
LOC_Os01g51140.2LOC_Os01g51140
LOC_Os01g51140.1LOC_Os01g51140
LOC_Os01g38610.1LOC_Os01g38610
LOC_Os02g39140.1LOC_Os02g39140
LOC_Os04g41229.2LOC_Os04g41229
LOC_Os04g41229.1LOC_Os04g41229
LOC_Os01g67480.1LOC_Os01g67480
LOC_Os08g39630.1LOC_Os08g39630
LOC_Os09g31300.2LOC_Os09g31300
LOC_Os09g31300.1LOC_Os09g31300
LOC_Os12g40730.1LOC_Os12g40730
LOC_Os12g40710.1LOC_Os12g40710
LOC_Os03g43810.1LOC_Os03g43810
LOC_Os12g41650.5LOC_Os12g41650
LOC_Os12g41650.4LOC_Os12g41650
LOC_Os12g41650.3LOC_Os12g41650
LOC_Os12g41650.2LOC_Os12g41650
LOC_Os07g05010.3LOC_Os07g05010
LOC_Os07g05010.2LOC_Os07g05010
LOC_Os07g05010.1LOC_Os07g05010
LOC_Os03g56950.4LOC_Os03g56950
LOC_Os03g56950.3LOC_Os03g56950
LOC_Os03g56950.2LOC_Os03g56950
LOC_Os03g56950.1LOC_Os03g56950
LOC_Os03g56950.7LOC_Os03g56950
LOC_Os03g56950.5LOC_Os03g56950
LOC_Os03g56950.6LOC_Os03g56950
LOC_Os06g06900.1LOC_Os06g06900
LOC_Os02g56140.1LOC_Os02g56140
LOC_Os05g04740.2LOC_Os05g04740
LOC_Os05g04740.1LOC_Os05g04740
LOC_Os01g18290.2LOC_Os01g18290
LOC_Os01g18290.1LOC_Os01g18290
LOC_Os04g52770.1LOC_Os04g52770
LOC_Os05g06520.1LOC_Os05g06520
LOC_Os10g40740.1LOC_Os10g40740
LOC_Os01g57580.1LOC_Os01g57580
LOC_Os03g17130.1LOC_Os03g17130
LOC_Os09g28900.1LOC_Os09g28900
LOC_Os08g37290.1LOC_Os08g37290
LOC_Os01g11910.1LOC_Os01g11910
LOC_Os05g07120.2LOC_Os05g07120
LOC_Os05g07120.1LOC_Os05g07120
LOC_Os01g06640.2LOC_Os01g06640
LOC_Os01g06640.1LOC_Os01g06640
LOC_Os03g59670.1LOC_Os03g59670
LOC_Os03g15440.1LOC_Os03g15440
LOC_Os09g24490.1LOC_Os09g24490
LOC_Os08g33590.1LOC_Os08g33590
LOC_Os03g51580.1LOC_Os03g51580
LOC_Os12g43620.1LOC_Os12g43620
LOC_Os03g46790.1LOC_Os03g46790
LOC_Os03g46860.1LOC_Os03g46860
LOC_Os03g03000.1LOC_Os03g03000
LOC_Os05g50900.1LOC_Os05g50900
LOC_Os02g52190.1LOC_Os02g52190
LOC_Os09g29360.1LOC_Os09g29360
LOC_Os08g37730.1LOC_Os08g37730
LOC_Os10g23050.1LOC_Os10g23050
LOC_Os03g08930.1LOC_Os03g08930
LOC_Os04g50090.1LOC_Os04g50090
LOC_Os02g46560.1LOC_Os02g46560
LOC_Os05g51820.1LOC_Os05g51820
LOC_Os02g15760.1LOC_Os02g15760
LOC_Os06g33450.2LOC_Os06g33450
LOC_Os06g33450.1LOC_Os06g33450
LOC_Os11g15210.1LOC_Os11g15210
LOC_Os04g47080.1LOC_Os04g47080
LOC_Os04g47059.1LOC_Os04g47059
LOC_Os04g47040.1LOC_Os04g47040
LOC_Os01g39580.1LOC_Os01g39580
LOC_Os01g39480.1LOC_Os01g39480
LOC_Os09g34330.1LOC_Os09g34330
LOC_Os08g43070.1LOC_Os08g43070
LOC_Os10g42430.1LOC_Os10g42430
LOC_Os01g50940.1LOC_Os01g50940
LOC_Os01g13460.1LOC_Os01g13460
LOC_Os02g23823.1LOC_Os02g23823
LOC_Os01g39330.1LOC_Os01g39330
LOC_Os05g11070.1LOC_Os05g11070
LOC_Os02g13670.1LOC_Os02g13670
LOC_Os10g01530.1LOC_Os10g01530
LOC_Os03g12760.1LOC_Os03g12760
LOC_Os01g33400.1LOC_Os01g33400
LOC_Os12g31430.1LOC_Os12g31430
LOC_Os12g40590.1LOC_Os12g40590
LOC_Os02g02820.1LOC_Os02g02820
LOC_Os07g36460.1LOC_Os07g36460
LOC_Os01g72370.2LOC_Os01g72370
LOC_Os01g72370.3LOC_Os01g72370
LOC_Os01g72370.1LOC_Os01g72370
LOC_Os04g35010.1LOC_Os04g35010
LOC_Os01g01870.1LOC_Os01g01870
LOC_Os01g01840.1LOC_Os01g01840
LOC_Os02g34320.1LOC_Os02g34320
LOC_Os06g37410.1LOC_Os06g37410
LOC_Os02g12820.1LOC_Os02g12820
LOC_Os01g09900.1LOC_Os01g09900
LOC_Os01g09930.1LOC_Os01g09930
LOC_Os01g09990.2LOC_Os01g09990
LOC_Os01g09990.1LOC_Os01g09990
LOC_Os04g23550.1LOC_Os04g23550
LOC_Os04g23440.1LOC_Os04g23440
LOC_Os10g39750.1LOC_Os10g39750
LOC_Os03g04310.2LOC_Os03g04310
LOC_Os03g04310.1LOC_Os03g04310
LOC_Os11g32100.1LOC_Os11g32100
LOC_Os01g70310.2LOC_Os01g70310
LOC_Os01g70310.1LOC_Os01g70310
LOC_Os11g38870.2LOC_Os11g38870
LOC_Os11g38870.1LOC_Os11g38870
LOC_Os07g43530.2LOC_Os07g43530
LOC_Os07g43530.1LOC_Os07g43530
LOC_Os03g26210.1LOC_Os03g26210
LOC_Os03g26210.2LOC_Os03g26210
LOC_Os03g26210.3LOC_Os03g26210
LOC_Os05g38140.1LOC_Os05g38140
LOC_Os02g02480.2LOC_Os02g02480
LOC_Os02g02480.3LOC_Os02g02480
LOC_Os02g02480.1LOC_Os02g02480
LOC_Os08g04390.2LOC_Os08g04390
LOC_Os07g35870.2LOC_Os07g35870
LOC_Os07g35870.1LOC_Os07g35870
LOC_Os11g39000.2LOC_Os11g39000
LOC_Os11g39000.1LOC_Os11g39000
LOC_Os06g12210.1LOC_Os06g12210
LOC_Os02g51320.1LOC_Os02g51320
LOC_Os03g55220.2LOC_Os03g55220
LOC_Os03g55220.1LOC_Os03g55220