Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os05g45230.1LOC_Os05g45230
LOC_Os08g17400.1LOC_Os08g17400
LOC_Os06g30860.1LOC_Os06g30860
LOC_Os02g16540.1LOC_Os02g16540
LOC_Os05g50700.1LOC_Os05g50700
LOC_Os01g43550.2LOC_Os01g43550
LOC_Os01g43550.1LOC_Os01g43550
LOC_Os01g54600.1LOC_Os01g54600
LOC_Os01g53040.1LOC_Os01g53040
LOC_Os03g63810.1LOC_Os03g63810
LOC_Os10g42850.1LOC_Os10g42850
LOC_Os04g50920.1LOC_Os04g50920
LOC_Os02g47060.1LOC_Os02g47060
LOC_Os03g58420.2LOC_Os03g58420
LOC_Os03g58420.1LOC_Os03g58420
LOC_Os03g53050.1LOC_Os03g53050
LOC_Os12g40570.2LOC_Os12g40570
LOC_Os12g40570.1LOC_Os12g40570
LOC_Os02g26430.1LOC_Os02g26430
LOC_Os04g21950.1LOC_Os04g21950
LOC_Os04g51560.1LOC_Os04g51560
LOC_Os08g13840.2LOC_Os08g13840
LOC_Os08g13840.1LOC_Os08g13840
LOC_Os01g62510.1LOC_Os01g62510
LOC_Os07g39480.1LOC_Os07g39480
LOC_Os05g27730.1LOC_Os05g27730
LOC_Os05g39720.1LOC_Os05g39720
LOC_Os01g61080.1LOC_Os01g61080
LOC_Os09g30400.3LOC_Os09g30400
LOC_Os09g30400.2LOC_Os09g30400
LOC_Os09g30400.1LOC_Os09g30400
LOC_Os08g38990.4LOC_Os08g38990
LOC_Os08g38990.3LOC_Os08g38990
LOC_Os08g38990.2LOC_Os08g38990
LOC_Os08g38990.1LOC_Os08g38990
LOC_Os04g39570.2LOC_Os04g39570
LOC_Os04g39570.1LOC_Os04g39570
LOC_Os07g40570.1LOC_Os07g40570
LOC_Os03g33012.1LOC_Os03g33012
LOC_Os12g32250.1LOC_Os12g32250
LOC_Os03g55164.2LOC_Os03g55164
LOC_Os03g55164.1LOC_Os03g55164
LOC_Os01g40260.1LOC_Os01g40260
LOC_Os05g46020.1LOC_Os05g46020
LOC_Os01g51690.1LOC_Os01g51690
LOC_Os01g09100.1LOC_Os01g09100
LOC_Os05g09020.2LOC_Os05g09020
LOC_Os05g09020.1LOC_Os05g09020
LOC_Os07g02060.1LOC_Os07g02060
LOC_Os03g55080.1LOC_Os03g55080
LOC_Os05g50610.2LOC_Os05g50610
LOC_Os05g50610.1LOC_Os05g50610
LOC_Os01g43650.2LOC_Os01g43650
LOC_Os01g43650.1LOC_Os01g43650
LOC_Os05g49100.1LOC_Os05g49100
LOC_Os01g47560.1LOC_Os01g47560
LOC_Os01g53260.1LOC_Os01g53260
LOC_Os11g29870.1LOC_Os11g29870
LOC_Os04g46060.1LOC_Os04g46060
LOC_Os02g43560.1LOC_Os02g43560
LOC_Os01g08710.2LOC_Os01g08710
LOC_Os01g08710.1LOC_Os01g08710
LOC_Os09g25060.1LOC_Os09g25060
LOC_Os09g25070.2LOC_Os09g25070
LOC_Os09g25070.1LOC_Os09g25070
LOC_Os06g44010.1LOC_Os06g44010
LOC_Os02g08440.4LOC_Os02g08440
LOC_Os02g08440.2LOC_Os02g08440
LOC_Os02g08440.3LOC_Os02g08440
LOC_Os02g08440.1LOC_Os02g08440
LOC_Os05g04640.1LOC_Os05g04640
LOC_Os01g18584.1LOC_Os01g18584
LOC_Os05g49210.1LOC_Os05g49210
LOC_Os01g14440.1LOC_Os01g14440
LOC_Os06g05380.1LOC_Os06g05380
LOC_Os01g09080.1LOC_Os01g09080
LOC_Os01g40430.1LOC_Os01g40430
LOC_Os02g53100.1LOC_Os02g53100
LOC_Os01g74140.1LOC_Os01g74140
LOC_Os01g62514.1LOC_Os01g62514
LOC_Os04g04300.1LOC_Os04g04300
LOC_Os05g40080.1LOC_Os05g40080
LOC_Os05g40060.1LOC_Os05g40060
LOC_Os07g48260.1LOC_Os07g48260
LOC_Os03g21710.1LOC_Os03g21710
LOC_Os09g16510.1LOC_Os09g16510
LOC_Os08g29660.1LOC_Os08g29660
LOC_Os05g49620.1LOC_Os05g49620
LOC_Os01g46800.1LOC_Os01g46800
LOC_Os11g45850.1LOC_Os11g45850
LOC_Os05g14370.1LOC_Os05g14370
LOC_Os12g02450.1LOC_Os12g02450
LOC_Os11g02530.1LOC_Os11g02530
LOC_Os09g09630.1LOC_Os09g09630
LOC_Os12g02440.1LOC_Os12g02440
LOC_Os12g02440.4LOC_Os12g02440
LOC_Os12g02440.2LOC_Os12g02440
LOC_Os12g02440.3LOC_Os12g02440
LOC_Os11g02520.1LOC_Os11g02520
LOC_Os12g02470.1LOC_Os12g02470
LOC_Os11g02540.1LOC_Os11g02540
LOC_Os12g02400.1LOC_Os12g02400
LOC_Os11g02470.1LOC_Os11g02470
LOC_Os12g02420.2LOC_Os12g02420
LOC_Os12g02420.1LOC_Os12g02420
LOC_Os11g02480.2LOC_Os11g02480
LOC_Os11g02480.1LOC_Os11g02480
LOC_Os03g20550.2LOC_Os03g20550
LOC_Os03g20550.1LOC_Os03g20550
LOC_Os01g60490.1LOC_Os01g60490
LOC_Os07g27670.1LOC_Os07g27670
LOC_Os11g45920.1LOC_Os11g45920
LOC_Os05g40070.1LOC_Os05g40070
LOC_Os01g60640.1LOC_Os01g60640
LOC_Os06g06360.1LOC_Os06g06360
LOC_Os05g25700.1LOC_Os05g25700
LOC_Os05g25770.1LOC_Os05g25770
LOC_Os03g45450.1LOC_Os03g45450
LOC_Os01g60600.1LOC_Os01g60600
LOC_Os10g18099.1LOC_Os10g18099
LOC_Os01g60520.1LOC_Os01g60520
LOC_Os08g09810.1LOC_Os08g09810
LOC_Os08g09800.1LOC_Os08g09800
LOC_Os08g09840.1LOC_Os08g09840
LOC_Os08g09900.1LOC_Os08g09900
LOC_Os01g60540.1LOC_Os01g60540
LOC_Os12g01180.1LOC_Os12g01180
LOC_Os05g03900.2LOC_Os05g03900
LOC_Os05g03900.1LOC_Os05g03900