Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os06g46240.1LOC_Os06g46240
LOC_Os06g31100.1LOC_Os06g31100
LOC_Os04g40630.1LOC_Os04g40630
LOC_Os01g66890.3LOC_Os01g66890
LOC_Os06g21330.1LOC_Os06g21330
LOC_Os05g33050.1LOC_Os05g33050
LOC_Os09g16870.1LOC_Os09g16870
LOC_Os09g16850.1LOC_Os09g16850
LOC_Os08g41240.1LOC_Os08g41240
LOC_Os08g41120.1LOC_Os08g41120
LOC_Os09g06890.1LOC_Os09g06890
LOC_Os03g48120.1LOC_Os03g48120
LOC_Os08g41230.1LOC_Os08g41230
LOC_Os08g41220.1LOC_Os08g41220
LOC_Os08g41170.1LOC_Os08g41170
LOC_Os08g41180.1LOC_Os08g41180
LOC_Os08g41150.1LOC_Os08g41150
LOC_Os08g40490.1LOC_Os08g40490
LOC_Os04g53430.1LOC_Os04g53430
LOC_Os04g53390.1LOC_Os04g53390
LOC_Os04g35370.1LOC_Os04g35370
LOC_Os05g44540.1LOC_Os05g44540
LOC_Os10g29260.1LOC_Os10g29260
LOC_Os10g29320.1LOC_Os10g29320
LOC_Os10g29120.1LOC_Os10g29120
LOC_Os10g29190.1LOC_Os10g29190
LOC_Os10g29360.1LOC_Os10g29360
LOC_Os10g29440.1LOC_Os10g29440
LOC_Os05g44530.1LOC_Os05g44530
LOC_Os11g24550.1LOC_Os11g24550
LOC_Os11g45560.1LOC_Os11g45560
LOC_Os06g45770.1LOC_Os06g45770
LOC_Os11g41290.1LOC_Os11g41290
LOC_Os10g28840.1LOC_Os10g28840
LOC_Os11g41300.1LOC_Os11g41300
LOC_Os11g41260.1LOC_Os11g41260
LOC_Os10g28975.1LOC_Os10g28975
LOC_Os10g28970.2LOC_Os10g28970
LOC_Os10g28870.1LOC_Os10g28870
LOC_Os11g40490.1LOC_Os11g40490
LOC_Os02g52316.1LOC_Os02g52316
LOC_Os02g20600.1LOC_Os02g20600
LOC_Os10g30040.1LOC_Os10g30040
LOC_Os10g29920.1LOC_Os10g29920
LOC_Os10g30350.1LOC_Os10g30350
LOC_Os10g29050.2LOC_Os10g29050
LOC_Os06g45720.1LOC_Os06g45720
LOC_Os06g14060.2LOC_Os06g14060
LOC_Os06g14060.1LOC_Os06g14060
LOC_Os08g13250.1LOC_Os08g13250
LOC_Os08g13090.1LOC_Os08g13090
LOC_Os08g13070.1LOC_Os08g13070
LOC_Os08g13060.1LOC_Os08g13060
LOC_Os08g03510.1LOC_Os08g03510
LOC_Os08g03530.1LOC_Os08g03530
LOC_Os08g03500.1LOC_Os08g03500
LOC_Os08g03480.1LOC_Os08g03480
LOC_Os08g25240.1LOC_Os08g25240
LOC_Os11g40220.1LOC_Os11g40220
LOC_Os04g56460.1LOC_Os04g56460
LOC_Os08g40460.1LOC_Os08g40460
LOC_Os12g02030.1LOC_Os12g02030
LOC_Os11g02070.1LOC_Os11g02070
LOC_Os07g15490.1LOC_Os07g15490
LOC_Os08g38700.1LOC_Os08g38700
LOC_Os08g01320.2LOC_Os08g01320
LOC_Os08g01320.1LOC_Os08g01320
LOC_Os05g27880.3LOC_Os05g27880
LOC_Os05g27880.2LOC_Os05g27880
LOC_Os05g27880.1LOC_Os05g27880
LOC_Os12g04410.1LOC_Os12g04410
LOC_Os11g04600.1LOC_Os11g04600
LOC_Os03g46440.2LOC_Os03g46440
LOC_Os03g46440.3LOC_Os03g46440
LOC_Os03g46440.1LOC_Os03g46440
LOC_Os01g72020.2LOC_Os01g72020
LOC_Os01g72020.1LOC_Os01g72020
LOC_Os01g70670.2LOC_Os01g70670
LOC_Os01g70670.1LOC_Os01g70670