Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os12g06480.2LOC_Os12g06480
LOC_Os02g09920.1LOC_Os02g09920
LOC_Os04g52020.1LOC_Os04g52020
LOC_Os02g48810.1LOC_Os02g48810
LOC_Os11g06130.1LOC_Os11g06130
LOC_Os03g15990.1LOC_Os03g15990
LOC_Os12g34330.1LOC_Os12g34330
LOC_Os11g12650.1LOC_Os11g12650
LOC_Os09g27620.1LOC_Os09g27620
LOC_Os05g03430.1LOC_Os05g03430
LOC_Os05g03430.3LOC_Os05g03430
LOC_Os05g03430.2LOC_Os05g03430
LOC_Os03g50780.1LOC_Os03g50780
LOC_Os01g65600.1LOC_Os01g65600
LOC_Os03g58530.2LOC_Os03g58530
LOC_Os03g58530.1LOC_Os03g58530
LOC_Os07g08880.2LOC_Os07g08880
LOC_Os07g08880.1LOC_Os07g08880
LOC_Os09g21770.1LOC_Os09g21770
LOC_Os08g32620.4LOC_Os08g32620
LOC_Os08g32620.3LOC_Os08g32620
LOC_Os08g32620.1LOC_Os08g32620
LOC_Os08g01420.1LOC_Os08g01420
LOC_Os01g66070.1LOC_Os01g66070
LOC_Os12g24540.1LOC_Os12g24540
LOC_Os02g03030.1LOC_Os02g03030
LOC_Os01g73460.1LOC_Os01g73460
LOC_Os11g18770.1LOC_Os11g18770
LOC_Os11g18770.2LOC_Os11g18770
LOC_Os06g01320.1LOC_Os06g01320
LOC_Os01g08820.1LOC_Os01g08820
LOC_Os03g19190.1LOC_Os03g19190
LOC_Os02g04490.1LOC_Os02g04490
LOC_Os03g53700.1LOC_Os03g53700
LOC_Os03g04980.1LOC_Os03g04980
LOC_Os07g31450.1LOC_Os07g31450
LOC_Os09g04890.1LOC_Os09g04890
LOC_Os06g17280.1LOC_Os06g17280
LOC_Os07g49030.2LOC_Os07g49030
LOC_Os07g49030.1LOC_Os07g49030
LOC_Os03g19020.3LOC_Os03g19020
LOC_Os03g19020.2LOC_Os03g19020
LOC_Os03g19020.1LOC_Os03g19020
LOC_Os02g52960.1LOC_Os02g52960
LOC_Os06g10690.2LOC_Os06g10690
LOC_Os06g10690.1LOC_Os06g10690
LOC_Os09g38440.1LOC_Os09g38440
LOC_Os02g09910.1LOC_Os02g09910
LOC_Os06g51490.1LOC_Os06g51490
LOC_Os06g08790.1LOC_Os06g08790
LOC_Os07g49290.1LOC_Os07g49290
LOC_Os01g11952.1LOC_Os01g11952
LOC_Os01g11960.2LOC_Os01g11960
LOC_Os01g11960.1LOC_Os01g11960
LOC_Os06g51450.1LOC_Os06g51450
LOC_Os06g01170.1LOC_Os06g01170
LOC_Os04g59510.1LOC_Os04g59510
LOC_Os04g35430.1LOC_Os04g35430
LOC_Os03g53630.1LOC_Os03g53630
LOC_Os07g07690.2LOC_Os07g07690
LOC_Os07g07690.1LOC_Os07g07690
LOC_Os04g34720.2LOC_Os04g34720
LOC_Os04g34720.1LOC_Os04g34720