Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os06g10570.1LOC_Os06g10570
LOC_Os02g53360.1LOC_Os02g53360
LOC_Os11g35030.2LOC_Os11g35030
LOC_Os05g01020.2LOC_Os05g01020
LOC_Os01g01960.1LOC_Os01g01960
LOC_Os10g41100.1LOC_Os10g41100
LOC_Os10g39540.4LOC_Os10g39540
LOC_Os02g55560.2LOC_Os02g55560
LOC_Os07g15770.1LOC_Os07g15770
LOC_Os06g48610.1LOC_Os06g48610
LOC_Os02g05470.2LOC_Os02g05470
LOC_Os02g05470.1LOC_Os02g05470
LOC_Os05g50930.2LOC_Os05g50930
LOC_Os01g34610.2LOC_Os01g34610
LOC_Os01g34610.1LOC_Os01g34610
LOC_Os05g38990.1LOC_Os05g38990
LOC_Os01g61900.1LOC_Os01g61900
LOC_Os12g16160.1LOC_Os12g16160
LOC_Os12g01080.1LOC_Os12g01080
LOC_Os11g01074.4LOC_Os11g01074
LOC_Os10g32900.1LOC_Os10g32900
LOC_Os03g04620.2LOC_Os03g04620
LOC_Os03g04620.4LOC_Os03g04620
LOC_Os03g04620.3LOC_Os03g04620
LOC_Os03g04620.1LOC_Os03g04620
LOC_Os05g51690.3LOC_Os05g51690
LOC_Os05g51690.1LOC_Os05g51690
LOC_Os02g28660.1LOC_Os02g28660
LOC_Os09g35880.1LOC_Os09g35880
LOC_Os06g49880.2LOC_Os06g49880
LOC_Os06g49880.1LOC_Os06g49880
LOC_Os04g45690.1LOC_Os04g45690
LOC_Os02g43170.2LOC_Os02g43170
LOC_Os02g43170.1LOC_Os02g43170
LOC_Os12g10660.1LOC_Os12g10660
LOC_Os06g05890.1LOC_Os06g05890
LOC_Os05g11510.1LOC_Os05g11510
LOC_Os01g10580.1LOC_Os01g10580
LOC_Os02g39360.1LOC_Os02g39360
LOC_Os04g41560.4LOC_Os04g41560
LOC_Os04g41560.2LOC_Os04g41560
LOC_Os10g30890.1LOC_Os10g30890
LOC_Os11g05930.5LOC_Os11g05930
LOC_Os03g16090.2LOC_Os03g16090
LOC_Os03g16090.1LOC_Os03g16090
LOC_Os12g40490.1LOC_Os12g40490
LOC_Os03g42820.2LOC_Os03g42820
LOC_Os03g42820.1LOC_Os03g42820
LOC_Os03g42820.3LOC_Os03g42820
LOC_Os03g42820.4LOC_Os03g42820
LOC_Os06g08400.2LOC_Os06g08400
LOC_Os06g08400.1LOC_Os06g08400
LOC_Os07g15540.1LOC_Os07g15540
LOC_Os04g08740.2LOC_Os04g08740
LOC_Os04g08740.1LOC_Os04g08740
LOC_Os02g57530.1LOC_Os02g57530
LOC_Os02g57530.3LOC_Os02g57530
LOC_Os02g57530.2LOC_Os02g57530
LOC_Os10g21810.1LOC_Os10g21810
LOC_Os01g69920.2LOC_Os01g69920
LOC_Os01g69920.1LOC_Os01g69920
LOC_Os03g50860.1LOC_Os03g50860
LOC_Os02g50480.1LOC_Os02g50480
LOC_Os08g25200.1LOC_Os08g25200
LOC_Os06g08450.1LOC_Os06g08450
LOC_Os03g53100.1LOC_Os03g53100
LOC_Os06g44410.1LOC_Os06g44410
LOC_Os04g28040.1LOC_Os04g28040
LOC_Os03g17570.4LOC_Os03g17570
LOC_Os03g17570.6LOC_Os03g17570
LOC_Os03g17570.5LOC_Os03g17570
LOC_Os04g13480.1LOC_Os04g13480
LOC_Os04g36070.1LOC_Os04g36070
LOC_Os02g35180.1LOC_Os02g35180
LOC_Os08g26990.1LOC_Os08g26990
LOC_Os08g28950.1LOC_Os08g28950
LOC_Os08g28900.1LOC_Os08g28900
LOC_Os12g04500.1LOC_Os12g04500
LOC_Os11g04720.2LOC_Os11g04720
LOC_Os11g04720.1LOC_Os11g04720
LOC_Os01g72330.1LOC_Os01g72330
LOC_Os02g58350.1LOC_Os02g58350
LOC_Os07g26720.2LOC_Os07g26720
LOC_Os07g26720.1LOC_Os07g26720
LOC_Os04g57720.1LOC_Os04g57720
LOC_Os04g44280.1LOC_Os04g44280
LOC_Os02g42060.1LOC_Os02g42060
LOC_Os04g28160.1LOC_Os04g28160
LOC_Os04g28120.1LOC_Os04g28120
LOC_Os07g37140.1LOC_Os07g37140
LOC_Os08g08120.1LOC_Os08g08120
LOC_Os08g08120.2LOC_Os08g08120
LOC_Os08g08120.3LOC_Os08g08120
LOC_Os03g22770.2LOC_Os03g22770
LOC_Os06g45040.1LOC_Os06g45040
LOC_Os02g07930.1LOC_Os02g07930
LOC_Os02g01990.1LOC_Os02g01990
LOC_Os08g06630.3LOC_Os08g06630
LOC_Os02g28680.1LOC_Os02g28680
LOC_Os02g28580.1LOC_Os02g28580
LOC_Os10g30880.2LOC_Os10g30880
LOC_Os10g30880.1LOC_Os10g30880