Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os10g21560.1LOC_Os10g21560
LOC_Os03g12120.1LOC_Os03g12120
LOC_Os03g59730.1LOC_Os03g59730
LOC_Os06g36480.1LOC_Os06g36480
LOC_Os05g48850.1LOC_Os05g48850
LOC_Os01g48130.2LOC_Os01g48130
LOC_Os01g48130.1LOC_Os01g48130
LOC_Os01g09550.2LOC_Os01g09550
LOC_Os01g09550.1LOC_Os01g09550
LOC_Os05g10620.2LOC_Os05g10620
LOC_Os05g10620.3LOC_Os05g10620
LOC_Os05g10620.1LOC_Os05g10620
LOC_Os02g38130.1LOC_Os02g38130
LOC_Os06g15690.1LOC_Os06g15690
LOC_Os08g33910.1LOC_Os08g33910
LOC_Os12g43530.1LOC_Os12g43530
LOC_Os07g04560.1LOC_Os07g04560
LOC_Os03g56580.1LOC_Os03g56580
LOC_Os06g51070.1LOC_Os06g51070
LOC_Os03g04070.1LOC_Os03g04070
LOC_Os05g34600.1LOC_Os05g34600
LOC_Os08g02160.1LOC_Os08g02160
LOC_Os01g66490.1LOC_Os01g66490
LOC_Os03g01870.1LOC_Os03g01870
LOC_Os02g56600.1LOC_Os02g56600
LOC_Os10g33760.1LOC_Os10g33760
LOC_Os02g41450.1LOC_Os02g41450
LOC_Os04g43560.1LOC_Os04g43560
LOC_Os04g52810.1LOC_Os04g52810
LOC_Os12g41680.1LOC_Os12g41680
LOC_Os02g06950.1LOC_Os02g06950
LOC_Os08g10080.1LOC_Os08g10080
LOC_Os06g46270.1LOC_Os06g46270
LOC_Os06g23650.1LOC_Os06g23650
LOC_Os09g32260.2LOC_Os09g32260
LOC_Os09g32260.1LOC_Os09g32260
LOC_Os03g42630.1LOC_Os03g42630
LOC_Os04g38720.1LOC_Os04g38720
LOC_Os02g36880.3LOC_Os02g36880
LOC_Os02g36880.2LOC_Os02g36880
LOC_Os02g36880.4LOC_Os02g36880
LOC_Os02g36880.1LOC_Os02g36880
LOC_Os11g03370.1LOC_Os11g03370
LOC_Os12g03050.1LOC_Os12g03050
LOC_Os11g03310.1LOC_Os11g03310
LOC_Os07g48550.1LOC_Os07g48550
LOC_Os03g21030.1LOC_Os03g21030
LOC_Os01g29840.1LOC_Os01g29840
LOC_Os01g01470.1LOC_Os01g01470
LOC_Os08g40030.1LOC_Os08g40030
LOC_Os08g02300.1LOC_Os08g02300
LOC_Os06g04090.1LOC_Os06g04090
LOC_Os06g33940.1LOC_Os06g33940
LOC_Os02g15340.1LOC_Os02g15340
LOC_Os10g38834.1LOC_Os10g38834
LOC_Os03g03540.1LOC_Os03g03540
LOC_Os08g01330.1LOC_Os08g01330
LOC_Os04g59470.1LOC_Os04g59470
LOC_Os06g01480.1LOC_Os06g01480
LOC_Os02g42970.1LOC_Os02g42970
LOC_Os01g15640.1LOC_Os01g15640
LOC_Os10g42130.1LOC_Os10g42130
LOC_Os09g38010.2LOC_Os09g38010
LOC_Os09g38010.1LOC_Os09g38010
LOC_Os09g38000.1LOC_Os09g38000
LOC_Os03g02800.1LOC_Os03g02800
LOC_Os08g06140.3LOC_Os08g06140
LOC_Os08g06140.2LOC_Os08g06140
LOC_Os08g06140.1LOC_Os08g06140
LOC_Os06g01230.2LOC_Os06g01230
LOC_Os06g01230.1LOC_Os06g01230
LOC_Os05g35170.4LOC_Os05g35170
LOC_Os05g35170.5LOC_Os05g35170
LOC_Os05g35170.2LOC_Os05g35170
LOC_Os05g35170.1LOC_Os05g35170
LOC_Os05g35170.3LOC_Os05g35170
LOC_Os08g44820.3LOC_Os08g44820
LOC_Os08g44820.1LOC_Os08g44820
LOC_Os08g44820.2LOC_Os08g44820
LOC_Os02g57650.1LOC_Os02g57650
LOC_Os04g35660.1LOC_Os04g35660
LOC_Os02g34970.1LOC_Os02g34970
LOC_Os07g37920.1LOC_Os07g37920
LOC_Os05g34310.1LOC_Os05g34310
LOC_Os02g12310.1LOC_Os02g12310
LOC_Os07g48450.1LOC_Os07g48450
LOC_Os03g21060.1LOC_Os03g21060
LOC_Os01g01430.1LOC_Os01g01430
LOC_Os12g03040.1LOC_Os12g03040
LOC_Os11g03300.1LOC_Os11g03300
LOC_Os11g08210.1LOC_Os11g08210
LOC_Os05g34830.1LOC_Os05g34830
LOC_Os05g34830.3LOC_Os05g34830
LOC_Os05g34830.2LOC_Os05g34830
LOC_Os01g66120.3LOC_Os01g66120
LOC_Os01g66120.1LOC_Os01g66120
LOC_Os01g60020.1LOC_Os01g60020
LOC_Os07g12340.1LOC_Os07g12340
LOC_Os03g60080.1LOC_Os03g60080
LOC_Os12g29330.1LOC_Os12g29330
LOC_Os09g24560.1LOC_Os09g24560
LOC_Os08g33670.1LOC_Os08g33670
LOC_Os01g70110.1LOC_Os01g70110
LOC_Os09g33490.1LOC_Os09g33490
LOC_Os08g42400.2LOC_Os08g42400
LOC_Os08g42400.3LOC_Os08g42400
LOC_Os08g42400.1LOC_Os08g42400
LOC_Os09g32040.1LOC_Os09g32040
LOC_Os11g31330.1LOC_Os11g31330
LOC_Os11g31380.1LOC_Os11g31380
LOC_Os11g31360.1LOC_Os11g31360
LOC_Os11g31340.1LOC_Os11g31340
LOC_Os12g05990.1LOC_Os12g05990
LOC_Os11g05614.1LOC_Os11g05614
LOC_Os05g37080.1LOC_Os05g37080
LOC_Os01g64310.2LOC_Os01g64310
LOC_Os01g64310.1LOC_Os01g64310
LOC_Os08g23880.1LOC_Os08g23880
LOC_Os05g43960.1LOC_Os05g43960
LOC_Os01g59640.1LOC_Os01g59640
LOC_Os10g26270.1LOC_Os10g26270
LOC_Os10g25640.1LOC_Os10g25640
LOC_Os10g26240.1LOC_Os10g26240
LOC_Os10g25620.1LOC_Os10g25620
LOC_Os10g27360.1LOC_Os10g27360
LOC_Os10g27390.1LOC_Os10g27390
LOC_Os12g07790.1LOC_Os12g07790
LOC_Os12g22940.1LOC_Os12g22940
LOC_Os12g23090.1LOC_Os12g23090
LOC_Os12g22630.1LOC_Os12g22630
LOC_Os07g27340.1LOC_Os07g27340
LOC_Os07g27330.1LOC_Os07g27330
LOC_Os07g17180.1LOC_Os07g17180
LOC_Os07g13920.1LOC_Os07g13920
LOC_Os05g25960.1LOC_Os05g25960
LOC_Os03g39100.1LOC_Os03g39100
LOC_Os03g39050.1LOC_Os03g39050
LOC_Os07g09860.1LOC_Os07g09860
LOC_Os07g09830.1LOC_Os07g09830
LOC_Os07g09740.1LOC_Os07g09740
LOC_Os11g04960.1LOC_Os11g04960
LOC_Os10g09820.1LOC_Os10g09820
LOC_Os09g12380.1LOC_Os09g12380
LOC_Os01g48446.1LOC_Os01g48446
LOC_Os03g62470.1LOC_Os03g62470
LOC_Os03g61319.1LOC_Os03g61319
LOC_Os03g61249.1LOC_Os03g61249