Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os06g08290.1LOC_Os06g08290
LOC_Os03g62379.1LOC_Os03g62379
LOC_Os04g30890.1LOC_Os04g30890
LOC_Os02g17190.1LOC_Os02g17190
LOC_Os06g19980.1LOC_Os06g19980
LOC_Os06g07640.1LOC_Os06g07640
LOC_Os07g49530.1LOC_Os07g49530
LOC_Os05g46330.1LOC_Os05g46330
LOC_Os08g06240.1LOC_Os08g06240
LOC_Os10g30690.1LOC_Os10g30690
LOC_Os01g12700.1LOC_Os01g12700
LOC_Os01g74410.2LOC_Os01g74410
LOC_Os05g02420.2LOC_Os05g02420
LOC_Os12g37970.3LOC_Os12g37970
LOC_Os12g37970.2LOC_Os12g37970
LOC_Os11g47460.2LOC_Os11g47460
LOC_Os11g47460.4LOC_Os11g47460
LOC_Os11g47460.3LOC_Os11g47460
LOC_Os01g07430.1LOC_Os01g07430
LOC_Os06g14700.1LOC_Os06g14700
LOC_Os06g14710.1LOC_Os06g14710
LOC_Os03g19630.1LOC_Os03g19630
LOC_Os06g14010.1LOC_Os06g14010
LOC_Os03g25304.1LOC_Os03g25304
LOC_Os01g11200.1LOC_Os01g11200
LOC_Os07g25370.1LOC_Os07g25370
LOC_Os10g20990.1LOC_Os10g20990
LOC_Os07g30130.4LOC_Os07g30130
LOC_Os07g30130.3LOC_Os07g30130
LOC_Os07g30130.2LOC_Os07g30130
LOC_Os07g30130.1LOC_Os07g30130
LOC_Os12g07730.1LOC_Os12g07730
LOC_Os11g08080.2LOC_Os11g08080
LOC_Os11g08080.1LOC_Os11g08080
LOC_Os03g31230.2LOC_Os03g31230
LOC_Os03g31230.1LOC_Os03g31230
LOC_Os01g43230.3LOC_Os01g43230
LOC_Os01g43180.1LOC_Os01g43180
LOC_Os01g09760.1LOC_Os01g09760
LOC_Os07g44090.1LOC_Os07g44090
LOC_Os06g07650.1LOC_Os06g07650
LOC_Os02g10060.1LOC_Os02g10060
LOC_Os02g34630.2LOC_Os02g34630
LOC_Os02g34630.1LOC_Os02g34630
LOC_Os04g40420.1LOC_Os04g40420
LOC_Os02g42850.1LOC_Os02g42850
LOC_Os07g44090.2LOC_Os07g44090
LOC_Os08g39980.1LOC_Os08g39980
LOC_Os09g31454.1LOC_Os09g31454
LOC_Os01g51154.1LOC_Os01g51154
LOC_Os01g51154.2LOC_Os01g51154
LOC_Os01g51154.3LOC_Os01g51154
LOC_Os12g41920.3LOC_Os12g41920
LOC_Os12g41920.2LOC_Os12g41920
LOC_Os12g41920.1LOC_Os12g41920
LOC_Os01g40670.2LOC_Os01g40670
LOC_Os01g40670.1LOC_Os01g40670
LOC_Os03g56234.2LOC_Os03g56234
LOC_Os03g56234.1LOC_Os03g56234
LOC_Os03g13790.2LOC_Os03g13790
LOC_Os03g13790.1LOC_Os03g13790
LOC_Os03g53960.2LOC_Os03g53960
LOC_Os03g53960.1LOC_Os03g53960
LOC_Os12g33950.1LOC_Os12g33950
LOC_Os02g47744.4LOC_Os02g47744
LOC_Os02g47744.3LOC_Os02g47744
LOC_Os02g47744.2LOC_Os02g47744
LOC_Os02g47744.1LOC_Os02g47744
LOC_Os03g63890.1LOC_Os03g63890
LOC_Os06g51260.1LOC_Os06g51260
LOC_Os04g49450.1LOC_Os04g49450
LOC_Os02g46030.1LOC_Os02g46030
LOC_Os08g06110.5LOC_Os08g06110
LOC_Os08g06110.4LOC_Os08g06110
LOC_Os08g06110.3LOC_Os08g06110
LOC_Os08g06110.2LOC_Os08g06110
LOC_Os06g01670.1LOC_Os06g01670
LOC_Os02g45670.1LOC_Os02g45670
LOC_Os06g45840.2LOC_Os06g45840
LOC_Os06g45840.1LOC_Os06g45840
LOC_Os01g06320.1LOC_Os01g06320
LOC_Os05g07010.2LOC_Os05g07010
LOC_Os05g07010.1LOC_Os05g07010
LOC_Os03g62100.1LOC_Os03g62100
LOC_Os02g30700.1LOC_Os02g30700
LOC_Os04g27410.1LOC_Os04g27410
LOC_Os01g34060.1LOC_Os01g34060
LOC_Os04g58020.1LOC_Os04g58020
LOC_Os05g51160.2LOC_Os05g51160
LOC_Os05g51160.1LOC_Os05g51160
LOC_Os01g41900.2LOC_Os01g41900
LOC_Os01g41900.1LOC_Os01g41900
LOC_Os05g10690.1LOC_Os05g10690
LOC_Os01g09640.1LOC_Os01g09640
LOC_Os08g05510.2LOC_Os08g05510
LOC_Os08g05510.1LOC_Os08g05510
LOC_Os10g41260.1LOC_Os10g41260
LOC_Os01g09280.1LOC_Os01g09280
LOC_Os08g04840.1LOC_Os08g04840
LOC_Os10g41200.3LOC_Os10g41200
LOC_Os10g41200.1LOC_Os10g41200
LOC_Os05g37050.1LOC_Os05g37050
LOC_Os05g50350.1LOC_Os05g50350
LOC_Os01g44370.1LOC_Os01g44370
LOC_Os03g43800.2LOC_Os03g43800
LOC_Os03g43800.1LOC_Os03g43800
LOC_Os05g50340.1LOC_Os05g50340
LOC_Os01g44390.2LOC_Os01g44390
LOC_Os01g44390.1LOC_Os01g44390
LOC_Os07g26150.1LOC_Os07g26150
LOC_Os01g47370.1LOC_Os01g47370
LOC_Os04g01970.1LOC_Os04g01970
LOC_Os03g51220.1LOC_Os03g51220
LOC_Os02g57270.2LOC_Os02g57270
LOC_Os02g57270.1LOC_Os02g57270