Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os07g43420.1LOC_Os07g43420
LOC_Os05g03550.1LOC_Os05g03550
LOC_Os01g74410.1LOC_Os01g74410
LOC_Os12g37970.1LOC_Os12g37970
LOC_Os11g47460.1LOC_Os11g47460
LOC_Os04g42950.1LOC_Os04g42950
LOC_Os03g04900.1LOC_Os03g04900
LOC_Os02g40530.1LOC_Os02g40530
LOC_Os05g49310.1LOC_Os05g49310
LOC_Os01g45090.1LOC_Os01g45090
LOC_Os01g03720.1LOC_Os01g03720
LOC_Os12g37690.1LOC_Os12g37690
LOC_Os11g45740.1LOC_Os11g45740
LOC_Os07g48870.1LOC_Os07g48870
LOC_Os03g20090.1LOC_Os03g20090
LOC_Os05g04210.1LOC_Os05g04210
LOC_Os01g19330.1LOC_Os01g19330
LOC_Os04g50770.1LOC_Os04g50770
LOC_Os02g46780.1LOC_Os02g46780
LOC_Os10g33810.1LOC_Os10g33810
LOC_Os04g43680.1LOC_Os04g43680
LOC_Os02g41510.1LOC_Os02g41510
LOC_Os03g19120.1LOC_Os03g19120
LOC_Os01g19970.1LOC_Os01g19970
LOC_Os10g35660.1LOC_Os10g35660
LOC_Os12g33070.1LOC_Os12g33070
LOC_Os09g26170.1LOC_Os09g26170
LOC_Os03g56090.1LOC_Os03g56090
LOC_Os08g15020.1LOC_Os08g15020
LOC_Os02g54520.1LOC_Os02g54520
LOC_Os05g48010.1LOC_Os05g48010
LOC_Os01g49160.1LOC_Os01g49160
LOC_Os01g52410.1LOC_Os01g52410
LOC_Os01g09590.1LOC_Os01g09590
LOC_Os04g39470.1LOC_Os04g39470
LOC_Os03g18480.1LOC_Os03g18480
LOC_Os11g35390.1LOC_Os11g35390
LOC_Os12g03150.1LOC_Os12g03150
LOC_Os11g03440.1LOC_Os11g03440
LOC_Os09g24800.1LOC_Os09g24800
LOC_Os08g33940.1LOC_Os08g33940
LOC_Os07g43580.1LOC_Os07g43580
LOC_Os03g26130.1LOC_Os03g26130
LOC_Os07g44090.3LOC_Os07g44090
LOC_Os03g25550.1LOC_Os03g25550
LOC_Os05g04820.1LOC_Os05g04820
LOC_Os01g18240.1LOC_Os01g18240
LOC_Os01g36460.1LOC_Os01g36460
LOC_Os05g46610.1LOC_Os05g46610
LOC_Os01g50720.1LOC_Os01g50720
LOC_Os08g05520.1LOC_Os08g05520
LOC_Os07g31470.1LOC_Os07g31470
LOC_Os01g51260.1LOC_Os01g51260
LOC_Os03g38210.1LOC_Os03g38210
LOC_Os01g07450.1LOC_Os01g07450
LOC_Os02g02370.1LOC_Os02g02370
LOC_Os04g45020.1LOC_Os04g45020
LOC_Os02g42850.2LOC_Os02g42850
LOC_Os06g14670.1LOC_Os06g14670
LOC_Os02g49986.1LOC_Os02g49986
LOC_Os09g23620.1LOC_Os09g23620
LOC_Os08g33150.1LOC_Os08g33150
LOC_Os09g36250.1LOC_Os09g36250
LOC_Os02g51799.1LOC_Os02g51799
LOC_Os06g11780.1LOC_Os06g11780
LOC_Os08g37970.1LOC_Os08g37970
LOC_Os03g27090.1LOC_Os03g27090
LOC_Os06g02250.1LOC_Os06g02250
LOC_Os04g50680.1LOC_Os04g50680
LOC_Os07g37210.1LOC_Os07g37210
LOC_Os09g36730.1LOC_Os09g36730
LOC_Os08g43550.1LOC_Os08g43550
LOC_Os12g07640.1LOC_Os12g07640
LOC_Os11g07890.1LOC_Os11g07890
LOC_Os05g35500.1LOC_Os05g35500
LOC_Os01g65370.1LOC_Os01g65370
LOC_Os01g50110.1LOC_Os01g50110
LOC_Os06g10350.1LOC_Os06g10350
LOC_Os03g29614.1LOC_Os03g29614
LOC_Os04g45060.1LOC_Os04g45060
LOC_Os02g42870.1LOC_Os02g42870
LOC_Os02g36890.1LOC_Os02g36890
LOC_Os04g38740.1LOC_Os04g38740
LOC_Os08g33660.1LOC_Os08g33660
LOC_Os05g41166.1LOC_Os05g41166
LOC_Os01g59660.3LOC_Os01g59660
LOC_Os01g59660.2LOC_Os01g59660
LOC_Os01g59660.1LOC_Os01g59660
LOC_Os01g59660.4LOC_Os01g59660
LOC_Os06g40330.1LOC_Os06g40330
LOC_Os06g46560.1LOC_Os06g46560
LOC_Os04g46384.1LOC_Os04g46384
LOC_Os02g49250.1LOC_Os02g49250
LOC_Os12g38400.2LOC_Os12g38400
LOC_Os07g04700.1LOC_Os07g04700
LOC_Os07g04700.6LOC_Os07g04700
LOC_Os07g04700.5LOC_Os07g04700
LOC_Os07g04700.3LOC_Os07g04700
LOC_Os07g04700.2LOC_Os07g04700
LOC_Os05g37060.1LOC_Os05g37060
LOC_Os01g64360.1LOC_Os01g64360
LOC_Os01g04930.1LOC_Os01g04930
LOC_Os05g37730.1LOC_Os05g37730
LOC_Os01g63460.1LOC_Os01g63460
LOC_Os08g34960.1LOC_Os08g34960
LOC_Os03g13310.1LOC_Os03g13310
LOC_Os01g63160.1LOC_Os01g63160
LOC_Os09g01960.1LOC_Os09g01960
LOC_Os06g43090.1LOC_Os06g43090
LOC_Os02g09480.1LOC_Os02g09480
LOC_Os05g28320.1LOC_Os05g28320
LOC_Os01g74590.1LOC_Os01g74590
LOC_Os03g51110.1LOC_Os03g51110
LOC_Os11g10130.1LOC_Os11g10130
LOC_Os01g16810.1LOC_Os01g16810
LOC_Os08g33800.1LOC_Os08g33800
LOC_Os01g63680.1LOC_Os01g63680
LOC_Os07g14110.1LOC_Os07g14110
LOC_Os07g12130.1LOC_Os07g12130
LOC_Os12g07610.1LOC_Os12g07610
LOC_Os06g06740.1LOC_Os06g06740
LOC_Os04g28090.1LOC_Os04g28090
LOC_Os12g13570.1LOC_Os12g13570
LOC_Os01g12860.1LOC_Os01g12860
LOC_Os05g38460.1LOC_Os05g38460
LOC_Os01g62410.2LOC_Os01g62410
LOC_Os01g62410.1LOC_Os01g62410