Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os07g04170.1LOC_Os07g04170
LOC_Os01g11510.1LOC_Os01g11510
LOC_Os03g03100.1LOC_Os03g03100
LOC_Os08g38590.1LOC_Os08g38590
LOC_Os06g11970.1LOC_Os06g11970
LOC_Os11g43740.1LOC_Os11g43740
LOC_Os01g52680.1LOC_Os01g52680
LOC_Os08g02070.1LOC_Os08g02070
LOC_Os12g10520.2LOC_Os12g10520
LOC_Os12g10520.1LOC_Os12g10520
LOC_Os04g31804.1LOC_Os04g31804
LOC_Os04g52410.2LOC_Os04g52410
LOC_Os04g52410.1LOC_Os04g52410
LOC_Os06g45650.1LOC_Os06g45650
LOC_Os02g07430.2LOC_Os02g07430
LOC_Os02g07430.1LOC_Os02g07430
LOC_Os06g23950.1LOC_Os06g23950
LOC_Os08g41960.1LOC_Os08g41960
LOC_Os01g69850.1LOC_Os01g69850
LOC_Os06g49840.2LOC_Os06g49840
LOC_Os06g49840.1LOC_Os06g49840
LOC_Os01g66030.2LOC_Os01g66030
LOC_Os01g66030.1LOC_Os01g66030
LOC_Os05g34940.3LOC_Os05g34940
LOC_Os05g34940.2LOC_Os05g34940
LOC_Os05g34940.1LOC_Os05g34940
LOC_Os07g01820.2LOC_Os07g01820
LOC_Os07g01820.3LOC_Os07g01820
LOC_Os07g01820.1LOC_Os07g01820
LOC_Os07g01820.6LOC_Os07g01820
LOC_Os07g01820.4LOC_Os07g01820
LOC_Os03g54160.2LOC_Os03g54160
LOC_Os03g54160.1LOC_Os03g54160
LOC_Os07g41370.1LOC_Os07g41370
LOC_Os12g31748.2LOC_Os12g31748
LOC_Os12g31748.1LOC_Os12g31748
LOC_Os09g32948.1LOC_Os09g32948
LOC_Os08g41950.2LOC_Os08g41950
LOC_Os08g41950.1LOC_Os08g41950
LOC_Os03g54170.1LOC_Os03g54170
LOC_Os06g06750.1LOC_Os06g06750
LOC_Os03g11614.1LOC_Os03g11614
LOC_Os04g49150.1LOC_Os04g49150
LOC_Os02g45770.1LOC_Os02g45770
LOC_Os12g10540.5LOC_Os12g10540
LOC_Os12g10540.4LOC_Os12g10540
LOC_Os12g10540.3LOC_Os12g10540
LOC_Os12g10540.2LOC_Os12g10540
LOC_Os12g10540.1LOC_Os12g10540
LOC_Os05g11380.2LOC_Os05g11380
LOC_Os05g11380.1LOC_Os05g11380
LOC_Os05g11414.1LOC_Os05g11414
LOC_Os05g11414.2LOC_Os05g11414
LOC_Os05g11414.3LOC_Os05g11414
LOC_Os01g10504.1LOC_Os01g10504
LOC_Os01g10504.3LOC_Os01g10504
LOC_Os01g10504.2LOC_Os01g10504
LOC_Os01g66290.2LOC_Os01g66290
LOC_Os01g66290.1LOC_Os01g66290
LOC_Os10g39130.2LOC_Os10g39130
LOC_Os10g39130.1LOC_Os10g39130
LOC_Os06g01890.1LOC_Os06g01890
LOC_Os02g01365.1LOC_Os02g01365
LOC_Os02g01355.1LOC_Os02g01355
LOC_Os03g08754.2LOC_Os03g08754
LOC_Os03g08754.1LOC_Os03g08754
LOC_Os06g11330.1LOC_Os06g11330
LOC_Os02g52340.1LOC_Os02g52340
LOC_Os02g49840.3LOC_Os02g49840
LOC_Os02g49840.4LOC_Os02g49840
LOC_Os02g49840.2LOC_Os02g49840
LOC_Os02g49840.1LOC_Os02g49840
LOC_Os04g38770.1LOC_Os04g38770
LOC_Os02g36924.1LOC_Os02g36924
LOC_Os04g23910.1LOC_Os04g23910
LOC_Os08g33488.1LOC_Os08g33488
LOC_Os01g68560.1LOC_Os01g68560
LOC_Os01g23770.1LOC_Os01g23770
LOC_Os01g23760.1LOC_Os01g23760
LOC_Os01g67890.1LOC_Os01g67890
LOC_Os03g37670.1LOC_Os03g37670
LOC_Os01g18440.1LOC_Os01g18440
LOC_Os04g25870.1LOC_Os04g25870
LOC_Os03g38610.1LOC_Os03g38610
LOC_Os01g18420.1LOC_Os01g18420
LOC_Os11g12360.1LOC_Os11g12360
LOC_Os06g22760.1LOC_Os06g22760
LOC_Os05g23780.1LOC_Os05g23780
LOC_Os03g14850.1LOC_Os03g14850
LOC_Os02g06860.1LOC_Os02g06860
LOC_Os12g21880.1LOC_Os12g21880
LOC_Os12g21850.1LOC_Os12g21850
LOC_Os06g30830.1LOC_Os06g30830
LOC_Os06g30810.1LOC_Os06g30810
LOC_Os09g02780.1LOC_Os09g02780
LOC_Os09g02830.1LOC_Os09g02830
LOC_Os01g74440.1LOC_Os01g74440