Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os01g70810.1LOC_Os01g70810
LOC_Os06g39906.1LOC_Os06g39906
LOC_Os07g39320.1LOC_Os07g39320
LOC_Os03g10210.1LOC_Os03g10210
LOC_Os10g26500.1LOC_Os10g26500
LOC_Os03g07450.1LOC_Os03g07450
LOC_Os09g29460.1LOC_Os09g29460
LOC_Os08g37580.1LOC_Os08g37580
LOC_Os03g08960.1LOC_Os03g08960
LOC_Os10g23090.2LOC_Os10g23090
LOC_Os10g23090.1LOC_Os10g23090
LOC_Os09g35910.1LOC_Os09g35910
LOC_Os04g45810.1LOC_Os04g45810
LOC_Os02g43330.1LOC_Os02g43330
LOC_Os09g21180.1LOC_Os09g21180
LOC_Os08g32085.1LOC_Os08g32085
LOC_Os08g32080.1LOC_Os08g32080
LOC_Os02g49700.1LOC_Os02g49700
LOC_Os02g49700.2LOC_Os02g49700
LOC_Os02g49700.3LOC_Os02g49700
LOC_Os07g24350.1LOC_Os07g24350
LOC_Os06g48290.1LOC_Os06g48290
LOC_Os02g05640.1LOC_Os02g05640
LOC_Os10g41230.1LOC_Os10g41230
LOC_Os10g39720.1LOC_Os10g39720
LOC_Os04g46350.1LOC_Os04g46350
LOC_Os06g04870.1LOC_Os06g04870
LOC_Os06g04850.1LOC_Os06g04850
LOC_Os10g01470.1LOC_Os10g01470
LOC_Os03g12860.1LOC_Os03g12860
LOC_Os01g45570.1LOC_Os01g45570
LOC_Os09g27450.1LOC_Os09g27450
LOC_Os08g36220.1LOC_Os08g36220
LOC_Os02g35770.1LOC_Os02g35770
LOC_Os06g12400.1LOC_Os06g12400
LOC_Os02g05450.1LOC_Os02g05450
LOC_Os03g03164.3LOC_Os03g03164
LOC_Os03g03164.2LOC_Os03g03164
LOC_Os03g03164.1LOC_Os03g03164
LOC_Os08g19650.2LOC_Os08g19650
LOC_Os08g19650.1LOC_Os08g19650
LOC_Os06g43860.1LOC_Os06g43860
LOC_Os06g43860.3LOC_Os06g43860
LOC_Os06g43860.2LOC_Os06g43860
LOC_Os02g08544.2LOC_Os02g08544
LOC_Os02g08544.1LOC_Os02g08544
LOC_Os03g56110.2LOC_Os03g56110
LOC_Os03g56140.2LOC_Os03g56140
LOC_Os03g56140.1LOC_Os03g56140
LOC_Os03g56110.1LOC_Os03g56110
LOC_Os03g51710.2LOC_Os03g51710
LOC_Os03g51710.1LOC_Os03g51710
LOC_Os05g03884.1LOC_Os05g03884
LOC_Os01g19694.1LOC_Os01g19694
LOC_Os07g03770.1LOC_Os07g03770
LOC_Os03g51690.3LOC_Os03g51690
LOC_Os03g51690.2LOC_Os03g51690
LOC_Os03g51690.1LOC_Os03g51690
LOC_Os03g47036.1LOC_Os03g47036
LOC_Os03g47016.1LOC_Os03g47016
LOC_Os05g25600.1LOC_Os05g25600
LOC_Os01g63510.1LOC_Os01g63510
LOC_Os04g56780.1LOC_Os04g56780
LOC_Os01g62310.1LOC_Os01g62310
LOC_Os05g02730.1LOC_Os05g02730
LOC_Os11g01130.2LOC_Os11g01130
LOC_Os12g01120.1LOC_Os12g01120
LOC_Os11g01130.1LOC_Os11g01130
LOC_Os03g20910.2LOC_Os03g20910
LOC_Os03g20910.1LOC_Os03g20910
LOC_Os07g48560.1LOC_Os07g48560
LOC_Os08g14400.1LOC_Os08g14400
LOC_Os05g48990.1LOC_Os05g48990
LOC_Os07g34880.1LOC_Os07g34880
LOC_Os01g47710.1LOC_Os01g47710
LOC_Os12g41860.1LOC_Os12g41860
LOC_Os03g55990.2LOC_Os03g55990
LOC_Os03g55990.3LOC_Os03g55990
LOC_Os03g55990.1LOC_Os03g55990
LOC_Os10g33960.3LOC_Os10g33960
LOC_Os10g33960.4LOC_Os10g33960
LOC_Os10g33960.2LOC_Os10g33960
LOC_Os10g33960.1LOC_Os10g33960
LOC_Os03g01890.2LOC_Os03g01890
LOC_Os03g01890.1LOC_Os03g01890
LOC_Os03g43930.1LOC_Os03g43930
LOC_Os03g43930.2LOC_Os03g43930
LOC_Os04g55590.1LOC_Os04g55590
LOC_Os08g19590.3LOC_Os08g19590
LOC_Os08g19590.2LOC_Os08g19590
LOC_Os08g19590.1LOC_Os08g19590
LOC_Os01g57890.2LOC_Os01g57890
LOC_Os01g57890.1LOC_Os01g57890
LOC_Os01g55549.1LOC_Os01g55549
LOC_Os09g35760.2LOC_Os09g35760
LOC_Os09g35760.1LOC_Os09g35760
LOC_Os02g45250.1LOC_Os02g45250
LOC_Os04g48070.3LOC_Os04g48070
LOC_Os04g48070.2LOC_Os04g48070
LOC_Os04g48070.1LOC_Os04g48070
LOC_Os06g10600.1LOC_Os06g10600
LOC_Os10g42490.2LOC_Os10g42490
LOC_Os10g42490.1LOC_Os10g42490
LOC_Os08g04190.1LOC_Os08g04190
LOC_Os08g08820.2LOC_Os08g08820
LOC_Os08g08820.1LOC_Os08g08820
LOC_Os04g53540.4LOC_Os04g53540
LOC_Os04g53540.3LOC_Os04g53540
LOC_Os04g53540.2LOC_Os04g53540
LOC_Os04g53540.1LOC_Os04g53540
LOC_Os01g60270.2LOC_Os01g60270
LOC_Os01g60270.1LOC_Os01g60270
LOC_Os03g47730.1LOC_Os03g47730
LOC_Os05g38120.1LOC_Os05g38120
LOC_Os01g62920.1LOC_Os01g62920
LOC_Os06g01934.1LOC_Os06g01934
LOC_Os10g39030.1LOC_Os10g39030
LOC_Os03g03260.1LOC_Os03g03260
LOC_Os03g52239.2LOC_Os03g52239
LOC_Os03g52239.3LOC_Os03g52239
LOC_Os03g52239.1LOC_Os03g52239
LOC_Os11g06020.1LOC_Os11g06020
LOC_Os03g06930.1LOC_Os03g06930
LOC_Os12g43950.4LOC_Os12g43950
LOC_Os12g43950.3LOC_Os12g43950
LOC_Os12g43950.2LOC_Os12g43950
LOC_Os12g43950.1LOC_Os12g43950
LOC_Os03g47740.1LOC_Os03g47740
LOC_Os03g47740.3LOC_Os03g47740
LOC_Os03g47740.2LOC_Os03g47740
LOC_Os06g36680.1LOC_Os06g36680
LOC_Os02g13310.1LOC_Os02g13310
LOC_Os03g47042.1LOC_Os03g47042
LOC_Os03g47022.1LOC_Os03g47022
LOC_Os05g48820.1LOC_Os05g48820
LOC_Os01g48170.1LOC_Os01g48170
LOC_Os05g09630.2LOC_Os05g09630
LOC_Os05g09630.1LOC_Os05g09630
LOC_Os06g29020.2LOC_Os06g29020
LOC_Os06g29020.1LOC_Os06g29020