Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os11g06180.1LOC_Os11g06180
LOC_Os12g06540.1LOC_Os12g06540
LOC_Os11g11600.1LOC_Os11g11600
LOC_Os03g15680.1LOC_Os03g15680
LOC_Os04g35250.1LOC_Os04g35250
LOC_Os03g51330.1LOC_Os03g51330
LOC_Os06g40780.1LOC_Os06g40780
LOC_Os02g10360.1LOC_Os02g10360
LOC_Os10g40390.1LOC_Os10g40390
LOC_Os03g40080.1LOC_Os03g40080
LOC_Os06g01620.1LOC_Os06g01620
LOC_Os04g46860.1LOC_Os04g46860
LOC_Os02g44370.1LOC_Os02g44370
LOC_Os02g44360.1LOC_Os02g44360
LOC_Os04g50060.2LOC_Os04g50060
LOC_Os04g50060.1LOC_Os04g50060
LOC_Os11g47900.1LOC_Os11g47900
LOC_Os11g47890.1LOC_Os11g47890
LOC_Os11g47870.1LOC_Os11g47870
LOC_Os11g47920.1LOC_Os11g47920
LOC_Os11g47910.1LOC_Os11g47910
LOC_Os12g04200.1LOC_Os12g04200
LOC_Os11g04400.1LOC_Os11g04400
LOC_Os12g38490.1LOC_Os12g38490
LOC_Os03g48450.4LOC_Os03g48450
LOC_Os03g48450.3LOC_Os03g48450
LOC_Os03g48450.2LOC_Os03g48450
LOC_Os03g48450.1LOC_Os03g48450
LOC_Os01g62460.2LOC_Os01g62460
LOC_Os01g62460.1LOC_Os01g62460
LOC_Os01g62460.3LOC_Os01g62460
LOC_Os04g49110.1LOC_Os04g49110
LOC_Os02g45760.1LOC_Os02g45760
LOC_Os01g65900.1LOC_Os01g65900
LOC_Os07g36170.2LOC_Os07g36170
LOC_Os07g36170.1LOC_Os07g36170
LOC_Os07g39470.1LOC_Os07g39470
LOC_Os10g22430.1LOC_Os10g22430
LOC_Os03g09280.3LOC_Os03g09280
LOC_Os03g09280.2LOC_Os03g09280
LOC_Os03g09280.1LOC_Os03g09280
LOC_Os07g39820.1LOC_Os07g39820
LOC_Os03g31880.1LOC_Os03g31880
LOC_Os07g40020.1LOC_Os07g40020
LOC_Os05g42130.1LOC_Os05g42130
LOC_Os03g29480.1LOC_Os03g29480
LOC_Os11g31100.1LOC_Os11g31100
LOC_Os01g67670.1LOC_Os01g67670
LOC_Os01g67650.1LOC_Os01g67650
LOC_Os03g49990.1LOC_Os03g49990
LOC_Os05g49930.1LOC_Os05g49930
LOC_Os01g45860.1LOC_Os01g45860
LOC_Os05g31380.1LOC_Os05g31380
LOC_Os05g31420.1LOC_Os05g31420
LOC_Os06g10900.1LOC_Os06g10900
LOC_Os01g71970.1LOC_Os01g71970
LOC_Os12g04380.1LOC_Os12g04380
LOC_Os11g04590.1LOC_Os11g04590
LOC_Os12g04370.1LOC_Os12g04370
LOC_Os11g04570.1LOC_Os11g04570
LOC_Os06g03710.1LOC_Os06g03710
LOC_Os05g40710.1LOC_Os05g40710
LOC_Os07g38030.1LOC_Os07g38030
LOC_Os12g02870.1LOC_Os12g02870
LOC_Os11g03110.1LOC_Os11g03110