Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os08g27740.1LOC_Os08g27740
LOC_Os09g08460.1LOC_Os09g08460
LOC_Os11g12490.1LOC_Os11g12490
LOC_Os12g24400.1LOC_Os12g24400
LOC_Os06g36970.1LOC_Os06g36970
LOC_Os05g10280.1LOC_Os05g10280
LOC_Os09g25510.1LOC_Os09g25510
LOC_Os07g01270.1LOC_Os07g01270
LOC_Os04g44630.1LOC_Os04g44630
LOC_Os01g71850.1LOC_Os01g71850
LOC_Os10g34884.1LOC_Os10g34884
LOC_Os08g20486.1LOC_Os08g20486
LOC_Os09g11390.1LOC_Os09g11390
LOC_Os08g33270.1LOC_Os08g33270
LOC_Os05g40680.1LOC_Os05g40680
LOC_Os03g40160.1LOC_Os03g40160
LOC_Os04g49380.1LOC_Os04g49380
LOC_Os04g30870.1LOC_Os04g30870
LOC_Os02g01950.1LOC_Os02g01950
LOC_Os05g03090.1LOC_Os05g03090
LOC_Os07g18840.1LOC_Os07g18840
LOC_Os01g16740.1LOC_Os01g16740
LOC_Os06g13740.1LOC_Os06g13740
LOC_Os02g16140.1LOC_Os02g16140
LOC_Os06g13900.1LOC_Os06g13900
LOC_Os09g01780.1LOC_Os09g01780
LOC_Os05g25320.1LOC_Os05g25320
LOC_Os07g27800.1LOC_Os07g27800
LOC_Os07g27770.1LOC_Os07g27770
LOC_Os02g18370.1LOC_Os02g18370
LOC_Os08g32440.1LOC_Os08g32440
LOC_Os10g42160.1LOC_Os10g42160
LOC_Os02g25470.1LOC_Os02g25470
LOC_Os12g05940.1LOC_Os12g05940
LOC_Os12g03660.1LOC_Os12g03660
LOC_Os02g01860.1LOC_Os02g01860
LOC_Os01g23840.1LOC_Os01g23840
LOC_Os04g34430.2LOC_Os04g34430
LOC_Os04g34430.1LOC_Os04g34430
LOC_Os02g33750.2LOC_Os02g33750
LOC_Os02g33750.1LOC_Os02g33750
LOC_Os01g63380.1LOC_Os01g63380
LOC_Os04g52560.1LOC_Os04g52560
LOC_Os03g56630.2LOC_Os03g56630
LOC_Os03g56630.1LOC_Os03g56630
LOC_Os07g31400.1LOC_Os07g31400
LOC_Os07g37630.1LOC_Os07g37630
LOC_Os03g08370.1LOC_Os03g08370
LOC_Os07g42400.2LOC_Os07g42400
LOC_Os07g42400.1LOC_Os07g42400
LOC_Os11g15755.1LOC_Os11g15755
LOC_Os11g11220.1LOC_Os11g11220
LOC_Os01g06852.1LOC_Os01g06852
LOC_Os09g14040.1LOC_Os09g14040
LOC_Os01g16660.1LOC_Os01g16660
LOC_Os05g39790.1LOC_Os05g39790
LOC_Os08g15510.1LOC_Os08g15510
LOC_Os08g14880.4LOC_Os08g14880
LOC_Os08g14880.2LOC_Os08g14880
LOC_Os08g14880.3LOC_Os08g14880
LOC_Os08g14880.1LOC_Os08g14880
LOC_Os03g37920.1LOC_Os03g37920
LOC_Os03g21660.1LOC_Os03g21660
LOC_Os02g28180.1LOC_Os02g28180
LOC_Os02g10840.1LOC_Os02g10840
LOC_Os12g06380.1LOC_Os12g06380
LOC_Os06g07010.2LOC_Os06g07010
LOC_Os06g07010.1LOC_Os06g07010
LOC_Os02g34590.1LOC_Os02g34590
LOC_Os11g02964.1LOC_Os11g02964
LOC_Os10g19270.1LOC_Os10g19270
LOC_Os05g03800.1LOC_Os05g03800
LOC_Os12g32140.1LOC_Os12g32140
LOC_Os05g06170.1LOC_Os05g06170
LOC_Os04g22990.1LOC_Os04g22990
LOC_Os06g39090.1LOC_Os06g39090
LOC_Os04g10860.1LOC_Os04g10860
LOC_Os02g29640.1LOC_Os02g29640
LOC_Os10g14040.1LOC_Os10g14040
LOC_Os08g25260.1LOC_Os08g25260
LOC_Os09g11870.1LOC_Os09g11870
LOC_Os09g23230.1LOC_Os09g23230
LOC_Os04g25100.1LOC_Os04g25100
LOC_Os11g05340.1LOC_Os11g05340
LOC_Os03g06860.1LOC_Os03g06860
LOC_Os02g26780.1LOC_Os02g26780
LOC_Os02g39220.1LOC_Os02g39220
LOC_Os02g16240.1LOC_Os02g16240
LOC_Os01g32700.1LOC_Os01g32700
LOC_Os03g15040.2LOC_Os03g15040
LOC_Os03g15040.1LOC_Os03g15040
LOC_Os06g25610.1LOC_Os06g25610
LOC_Os12g18910.1LOC_Os12g18910
LOC_Os06g28150.1LOC_Os06g28150
LOC_Os03g41800.1LOC_Os03g41800
LOC_Os06g32530.1LOC_Os06g32530
LOC_Os11g19030.1LOC_Os11g19030
LOC_Os10g06860.1LOC_Os10g06860
LOC_Os07g46900.1LOC_Os07g46900
LOC_Os05g30720.1LOC_Os05g30720
LOC_Os09g27390.1LOC_Os09g27390
LOC_Os05g30310.1LOC_Os05g30310
LOC_Os08g16370.1LOC_Os08g16370
LOC_Os02g44790.1LOC_Os02g44790
LOC_Os04g36590.1LOC_Os04g36590
LOC_Os02g31850.1LOC_Os02g31850
LOC_Os04g04400.1LOC_Os04g04400
LOC_Os06g42520.1LOC_Os06g42520
LOC_Os05g39480.1LOC_Os05g39480
LOC_Os03g12490.1LOC_Os03g12490
LOC_Os06g42420.1LOC_Os06g42420
LOC_Os11g17430.1LOC_Os11g17430
LOC_Os07g32110.1LOC_Os07g32110
LOC_Os05g37540.1LOC_Os05g37540
LOC_Os04g54880.1LOC_Os04g54880
LOC_Os01g63030.1LOC_Os01g63030
LOC_Os04g28580.1LOC_Os04g28580
LOC_Os02g40950.1LOC_Os02g40950
LOC_Os01g19050.1LOC_Os01g19050
LOC_Os03g45300.1LOC_Os03g45300
LOC_Os11g14020.1LOC_Os11g14020
LOC_Os06g49550.1LOC_Os06g49550
LOC_Os03g50900.1LOC_Os03g50900
LOC_Os06g39680.1LOC_Os06g39680
LOC_Os12g12380.1LOC_Os12g12380
LOC_Os12g12380.3LOC_Os12g12380
LOC_Os12g12380.2LOC_Os12g12380
LOC_Os11g45530.1LOC_Os11g45530
LOC_Os02g39540.2LOC_Os02g39540
LOC_Os02g39540.1LOC_Os02g39540
LOC_Os03g62660.2LOC_Os03g62660
LOC_Os03g62660.1LOC_Os03g62660
LOC_Os02g39520.2LOC_Os02g39520
LOC_Os02g39520.1LOC_Os02g39520
LOC_Os04g40060.1LOC_Os04g40060
LOC_Os03g15010.1LOC_Os03g15010
LOC_Os07g31420.2LOC_Os07g31420
LOC_Os07g31420.1LOC_Os07g31420