Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os09g39490.1LOC_Os09g39490
LOC_Os01g08790.1LOC_Os01g08790
LOC_Os10g25850.1LOC_Os10g25850
LOC_Os07g06470.2LOC_Os07g06470
LOC_Os07g06470.1LOC_Os07g06470
LOC_Os03g44540.1LOC_Os03g44540
LOC_Os12g42400.4LOC_Os12g42400
LOC_Os12g42400.3LOC_Os12g42400
LOC_Os12g42400.2LOC_Os12g42400
LOC_Os12g42400.1LOC_Os12g42400
LOC_Os03g48970.4LOC_Os03g48970
LOC_Os03g48970.3LOC_Os03g48970
LOC_Os03g48970.2LOC_Os03g48970
LOC_Os03g48970.1LOC_Os03g48970
LOC_Os12g41880.2LOC_Os12g41880
LOC_Os12g41880.1LOC_Os12g41880
LOC_Os08g09690.2LOC_Os08g09690
LOC_Os08g09690.1LOC_Os08g09690
LOC_Os03g07880.3LOC_Os03g07880
LOC_Os03g07880.2LOC_Os03g07880
LOC_Os03g07880.1LOC_Os03g07880
LOC_Os02g53620.1LOC_Os02g53620
LOC_Os07g41720.2LOC_Os07g41720
LOC_Os07g41720.1LOC_Os07g41720
LOC_Os03g29760.3LOC_Os03g29760
LOC_Os03g29760.2LOC_Os03g29760
LOC_Os03g29760.1LOC_Os03g29760
LOC_Os02g49410.1LOC_Os02g49410
LOC_Os01g70890.1LOC_Os01g70890
LOC_Os01g70880.1LOC_Os01g70880
LOC_Os08g07740.1LOC_Os08g07740
LOC_Os05g49780.1LOC_Os05g49780
LOC_Os01g61810.1LOC_Os01g61810
LOC_Os01g61810.2LOC_Os01g61810
LOC_Os01g61810.3LOC_Os01g61810
LOC_Os05g38820.4LOC_Os05g38820
LOC_Os05g38820.5LOC_Os05g38820
LOC_Os05g38820.3LOC_Os05g38820
LOC_Os05g38820.2LOC_Os05g38820
LOC_Os05g38820.1LOC_Os05g38820
LOC_Os07g41580.1LOC_Os07g41580
LOC_Os03g29970.1LOC_Os03g29970
LOC_Os06g17480.1LOC_Os06g17480
LOC_Os02g49370.2LOC_Os02g49370
LOC_Os02g49370.1LOC_Os02g49370
LOC_Os08g29500.2LOC_Os08g29500
LOC_Os08g29500.1LOC_Os08g29500
LOC_Os10g11580.1LOC_Os10g11580
LOC_Os05g23910.1LOC_Os05g23910
LOC_Os01g24460.1LOC_Os01g24460
LOC_Os01g39850.1LOC_Os01g39850
LOC_Os01g01290.1LOC_Os01g01290
LOC_Os09g30310.1LOC_Os09g30310
LOC_Os08g38780.1LOC_Os08g38780
LOC_Os03g14669.2LOC_Os03g14669
LOC_Os03g14669.1LOC_Os03g14669
LOC_Os08g10560.1LOC_Os08g10560
LOC_Os06g45640.1LOC_Os06g45640
LOC_Os02g07450.2LOC_Os02g07450
LOC_Os02g07450.1LOC_Os02g07450
LOC_Os04g58680.1LOC_Os04g58680
LOC_Os11g34200.1LOC_Os11g34200
LOC_Os05g41450.1LOC_Os05g41450
LOC_Os12g34510.1LOC_Os12g34510
LOC_Os03g51200.1LOC_Os03g51200
LOC_Os12g25120.1LOC_Os12g25120
LOC_Os07g36130.1LOC_Os07g36130
LOC_Os08g33100.1LOC_Os08g33100
LOC_Os07g36140.1LOC_Os07g36140
LOC_Os03g63530.2LOC_Os03g63530
LOC_Os03g63530.1LOC_Os03g63530