Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os04g41060.1LOC_Os04g41060
LOC_Os05g03760.1LOC_Os05g03760
LOC_Os07g38090.2LOC_Os07g38090
LOC_Os07g38090.1LOC_Os07g38090
LOC_Os12g33090.1LOC_Os12g33090
LOC_Os03g49170.3LOC_Os03g49170
LOC_Os03g49170.1LOC_Os03g49170
LOC_Os05g45020.1LOC_Os05g45020
LOC_Os01g53650.1LOC_Os01g53650
LOC_Os05g10670.1LOC_Os05g10670
LOC_Os01g09620.2LOC_Os01g09620
LOC_Os01g09620.1LOC_Os01g09620
LOC_Os01g14870.1LOC_Os01g14870
LOC_Os09g13530.1LOC_Os09g13530
LOC_Os06g43120.1LOC_Os06g43120
LOC_Os06g46400.1LOC_Os06g46400
LOC_Os08g04170.1LOC_Os08g04170
LOC_Os06g49080.1LOC_Os06g49080
LOC_Os07g04580.1LOC_Os07g04580
LOC_Os02g19804.1LOC_Os02g19804
LOC_Os04g35800.1LOC_Os04g35800
LOC_Os09g36090.1LOC_Os09g36090
LOC_Os04g32340.1LOC_Os04g32340
LOC_Os08g06330.1LOC_Os08g06330
LOC_Os05g08400.1LOC_Os05g08400
LOC_Os04g02730.1LOC_Os04g02730
LOC_Os10g25220.1LOC_Os10g25220
LOC_Os12g03554.1LOC_Os12g03554
LOC_Os04g01480.1LOC_Os04g01480
LOC_Os01g39100.1LOC_Os01g39100
LOC_Os01g61830.1LOC_Os01g61830
LOC_Os02g55000.1LOC_Os02g55000
LOC_Os04g56750.1LOC_Os04g56750
LOC_Os08g38370.1LOC_Os08g38370
LOC_Os03g61110.1LOC_Os03g61110
LOC_Os05g41790.1LOC_Os05g41790
LOC_Os07g04650.1LOC_Os07g04650
LOC_Os01g07930.1LOC_Os01g07930
LOC_Os04g48375.1LOC_Os04g48375
LOC_Os02g45480.3LOC_Os02g45480
LOC_Os02g45480.2LOC_Os02g45480
LOC_Os02g45480.1LOC_Os02g45480
LOC_Os07g48410.2LOC_Os07g48410
LOC_Os07g48410.1LOC_Os07g48410
LOC_Os03g21160.2LOC_Os03g21160
LOC_Os03g21160.1LOC_Os03g21160
LOC_Os03g21140.2LOC_Os03g21140
LOC_Os03g21140.1LOC_Os03g21140
LOC_Os08g03310.6LOC_Os08g03310
LOC_Os08g03310.5LOC_Os08g03310
LOC_Os08g03310.1LOC_Os08g03310
LOC_Os08g03310.2LOC_Os08g03310
LOC_Os08g03310.3LOC_Os08g03310
LOC_Os08g03310.4LOC_Os08g03310
LOC_Os07g39440.1LOC_Os07g39440
LOC_Os07g18050.1LOC_Os07g18050
LOC_Os06g07350.1LOC_Os06g07350
LOC_Os06g46890.1LOC_Os06g46890
LOC_Os02g06584.2LOC_Os02g06584
LOC_Os02g06584.4LOC_Os02g06584
LOC_Os02g06584.3LOC_Os02g06584
LOC_Os04g57600.1LOC_Os04g57600
LOC_Os02g58440.1LOC_Os02g58440
LOC_Os09g31482.3LOC_Os09g31482
LOC_Os09g31482.1LOC_Os09g31482
LOC_Os05g48960.4LOC_Os05g48960
LOC_Os05g48960.3LOC_Os05g48960
LOC_Os05g48960.2LOC_Os05g48960
LOC_Os05g48960.1LOC_Os05g48960
LOC_Os02g35150.1LOC_Os02g35150
LOC_Os12g18120.4LOC_Os12g18120
LOC_Os12g18120.2LOC_Os12g18120
LOC_Os12g18120.1LOC_Os12g18120
LOC_Os06g32720.1LOC_Os06g32720
LOC_Os06g32860.2LOC_Os06g32860
LOC_Os06g32860.1LOC_Os06g32860
LOC_Os01g42970.2LOC_Os01g42970
LOC_Os01g42970.1LOC_Os01g42970
LOC_Os12g21700.1LOC_Os12g21700
LOC_Os11g28270.3LOC_Os11g28270
LOC_Os11g28270.2LOC_Os11g28270
LOC_Os11g28270.1LOC_Os11g28270
LOC_Os01g68860.2LOC_Os01g68860
LOC_Os01g68860.3LOC_Os01g68860
LOC_Os01g68860.1LOC_Os01g68860
LOC_Os01g15350.1LOC_Os01g15350
LOC_Os01g15460.3LOC_Os01g15460
LOC_Os01g15460.2LOC_Os01g15460
LOC_Os01g15460.1LOC_Os01g15460
LOC_Os03g02160.2LOC_Os03g02160
LOC_Os03g02160.3LOC_Os03g02160
LOC_Os03g02160.1LOC_Os03g02160
LOC_Os04g57010.2LOC_Os04g57010
LOC_Os04g57010.1LOC_Os04g57010
LOC_Os06g41384.2LOC_Os06g41384
LOC_Os06g41384.1LOC_Os06g41384
LOC_Os02g10080.2LOC_Os02g10080
LOC_Os02g10080.1LOC_Os02g10080
LOC_Os05g50080.1LOC_Os05g50080
LOC_Os01g45730.1LOC_Os01g45730
LOC_Os03g18950.1LOC_Os03g18950
LOC_Os06g21390.4LOC_Os06g21390
LOC_Os06g21390.3LOC_Os06g21390
LOC_Os06g21390.2LOC_Os06g21390
LOC_Os06g21390.1LOC_Os06g21390
LOC_Os09g19940.2LOC_Os09g19940
LOC_Os09g19940.1LOC_Os09g19940
LOC_Os01g15300.2LOC_Os01g15300
LOC_Os01g15300.1LOC_Os01g15300