Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os12g38940.1LOC_Os12g38940
LOC_Os05g51830.1LOC_Os05g51830
LOC_Os01g68160.1LOC_Os01g68160
LOC_Os03g05480.1LOC_Os03g05480
LOC_Os03g05690.1LOC_Os03g05690
LOC_Os07g38240.1LOC_Os07g38240
LOC_Os03g40710.1LOC_Os03g40710
LOC_Os09g03500.1LOC_Os09g03500
LOC_Os04g39520.1LOC_Os04g39520
LOC_Os04g46680.1LOC_Os04g46680
LOC_Os02g44130.1LOC_Os02g44130
LOC_Os07g40780.1LOC_Os07g40780
LOC_Os03g31240.1LOC_Os03g31240
LOC_Os04g46670.1LOC_Os04g46670
LOC_Os02g44120.1LOC_Os02g44120
LOC_Os07g39970.1LOC_Os07g39970
LOC_Os07g39960.1LOC_Os07g39960
LOC_Os12g39400.1LOC_Os12g39400
LOC_Os08g20580.1LOC_Os08g20580
LOC_Os03g55540.1LOC_Os03g55540
LOC_Os07g40080.1LOC_Os07g40080
LOC_Os03g32230.1LOC_Os03g32230
LOC_Os03g32220.1LOC_Os03g32220
LOC_Os06g07020.1LOC_Os06g07020
LOC_Os05g38620.1LOC_Os05g38620
LOC_Os05g02390.1LOC_Os05g02390
LOC_Os04g08060.1LOC_Os04g08060
LOC_Os02g57790.1LOC_Os02g57790
LOC_Os11g47630.1LOC_Os11g47630
LOC_Os11g47620.1LOC_Os11g47620
LOC_Os03g60570.1LOC_Os03g60570
LOC_Os03g60560.1LOC_Os03g60560
LOC_Os04g08600.1LOC_Os04g08600
LOC_Os02g01090.1LOC_Os02g01090
LOC_Os08g17640.1LOC_Os08g17640
LOC_Os02g08510.1LOC_Os02g08510
LOC_Os09g38610.1LOC_Os09g38610
LOC_Os08g44190.1LOC_Os08g44190
LOC_Os03g13600.2LOC_Os03g13600
LOC_Os03g13600.1LOC_Os03g13600
LOC_Os09g26210.1LOC_Os09g26210
LOC_Os04g36650.1LOC_Os04g36650
LOC_Os02g35460.1LOC_Os02g35460
LOC_Os06g10470.1LOC_Os06g10470
LOC_Os04g02510.1LOC_Os04g02510
LOC_Os11g06840.1LOC_Os11g06840
LOC_Os04g59380.1LOC_Os04g59380
LOC_Os01g57650.1LOC_Os01g57650
LOC_Os03g15790.1LOC_Os03g15790
LOC_Os06g20020.1LOC_Os06g20020
LOC_Os12g38960.1LOC_Os12g38960
LOC_Os06g51140.1LOC_Os06g51140
LOC_Os03g49132.1LOC_Os03g49132
LOC_Os11g25610.1LOC_Os11g25610
LOC_Os05g01550.1LOC_Os05g01550
LOC_Os02g34680.1LOC_Os02g34680
LOC_Os07g40950.1LOC_Os07g40950
LOC_Os01g66570.1LOC_Os01g66570
LOC_Os05g03020.1LOC_Os05g03020
LOC_Os02g02424.3LOC_Os02g02424
LOC_Os02g02424.2LOC_Os02g02424
LOC_Os02g02424.1LOC_Os02g02424
LOC_Os12g18150.1LOC_Os12g18150
LOC_Os01g67970.1LOC_Os01g67970
LOC_Os05g37190.1LOC_Os05g37190
LOC_Os01g63980.1LOC_Os01g63980
LOC_Os09g10980.1LOC_Os09g10980
LOC_Os06g40960.1LOC_Os06g40960
LOC_Os09g31140.1LOC_Os09g31140
LOC_Os08g39390.1LOC_Os08g39390
LOC_Os09g13680.1LOC_Os09g13680
LOC_Os08g44830.1LOC_Os08g44830
LOC_Os04g08290.1LOC_Os04g08290
LOC_Os02g36360.3LOC_Os02g36360
LOC_Os02g36360.2LOC_Os02g36360
LOC_Os02g36360.1LOC_Os02g36360
LOC_Os12g07280.1LOC_Os12g07280
LOC_Os03g62230.1LOC_Os03g62230
LOC_Os01g65080.4LOC_Os01g65080
LOC_Os01g65080.3LOC_Os01g65080
LOC_Os01g65080.2LOC_Os01g65080
LOC_Os01g65080.1LOC_Os01g65080
LOC_Os03g13400.1LOC_Os03g13400
LOC_Os08g36390.1LOC_Os08g36390
LOC_Os09g27650.2LOC_Os09g27650
LOC_Os09g27650.1LOC_Os09g27650
LOC_Os02g31890.1LOC_Os02g31890
LOC_Os07g39310.1LOC_Os07g39310
LOC_Os03g10140.1LOC_Os03g10140
LOC_Os01g14010.1LOC_Os01g14010
LOC_Os09g38340.3LOC_Os09g38340
LOC_Os09g38340.2LOC_Os09g38340
LOC_Os09g38340.1LOC_Os09g38340
LOC_Os08g44050.4LOC_Os08g44050
LOC_Os08g44050.3LOC_Os08g44050
LOC_Os08g44050.2LOC_Os08g44050
LOC_Os08g44050.1LOC_Os08g44050
LOC_Os04g47860.4LOC_Os04g47860
LOC_Os04g47860.3LOC_Os04g47860
LOC_Os04g47860.2LOC_Os04g47860
LOC_Os04g47860.5LOC_Os04g47860
LOC_Os04g47860.6LOC_Os04g47860
LOC_Os02g45054.4LOC_Os02g45054
LOC_Os02g45054.3LOC_Os02g45054
LOC_Os02g45054.2LOC_Os02g45054
LOC_Os02g45054.1LOC_Os02g45054
LOC_Os10g28330.1LOC_Os10g28330
LOC_Os01g70870.1LOC_Os01g70870
LOC_Os01g39110.1LOC_Os01g39110
LOC_Os01g09850.3LOC_Os01g09850
LOC_Os01g09850.2LOC_Os01g09850
LOC_Os01g09850.1LOC_Os01g09850
LOC_Os09g38790.3LOC_Os09g38790
LOC_Os09g38790.2LOC_Os09g38790
LOC_Os09g38790.1LOC_Os09g38790
LOC_Os08g37920.2LOC_Os08g37920
LOC_Os08g37920.1LOC_Os08g37920
LOC_Os08g37904.5LOC_Os08g37904
LOC_Os08g37904.3LOC_Os08g37904
LOC_Os08g37904.2LOC_Os08g37904
LOC_Os08g37904.1LOC_Os08g37904
LOC_Os08g37904.4LOC_Os08g37904
LOC_Os08g37904.6LOC_Os08g37904
LOC_Os07g23450.1LOC_Os07g23450
LOC_Os05g14130.1LOC_Os05g14130
LOC_Os11g48000.1LOC_Os11g48000
LOC_Os07g01180.1LOC_Os07g01180
LOC_Os05g20930.1LOC_Os05g20930
LOC_Os04g50070.1LOC_Os04g50070
LOC_Os09g39660.2LOC_Os09g39660
LOC_Os09g39660.1LOC_Os09g39660