Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os08g35240.1LOC_Os08g35240
LOC_Os06g09717.1LOC_Os06g09717
LOC_Os02g54050.1LOC_Os02g54050
LOC_Os06g11940.1LOC_Os06g11940
LOC_Os06g09810.1LOC_Os06g09810
LOC_Os06g09790.1LOC_Os06g09790
LOC_Os06g09760.1LOC_Os06g09760
LOC_Os06g10780.1LOC_Os06g10780
LOC_Os03g15660.1LOC_Os03g15660
LOC_Os05g34730.1LOC_Os05g34730
LOC_Os01g66270.1LOC_Os01g66270
LOC_Os10g38000.1LOC_Os10g38000
LOC_Os02g45420.1LOC_Os02g45420
LOC_Os06g03670.1LOC_Os06g03670
LOC_Os09g35010.1LOC_Os09g35010
LOC_Os08g43210.1LOC_Os08g43210
LOC_Os09g35030.1LOC_Os09g35030
LOC_Os08g43200.1LOC_Os08g43200
LOC_Os06g06970.1LOC_Os06g06970
LOC_Os09g35020.1LOC_Os09g35020
LOC_Os04g48350.1LOC_Os04g48350
LOC_Os02g45450.1LOC_Os02g45450
LOC_Os01g73770.1LOC_Os01g73770
LOC_Os11g13840.1LOC_Os11g13840
LOC_Os04g36640.1LOC_Os04g36640
LOC_Os02g35240.1LOC_Os02g35240
LOC_Os10g41130.1LOC_Os10g41130
LOC_Os04g46410.1LOC_Os04g46410
LOC_Os04g46440.1LOC_Os04g46440
LOC_Os02g43970.1LOC_Os02g43970
LOC_Os04g46400.1LOC_Os04g46400
LOC_Os02g43940.1LOC_Os02g43940
LOC_Os01g10370.1LOC_Os01g10370
LOC_Os06g36000.1LOC_Os06g36000
LOC_Os02g13710.1LOC_Os02g13710
LOC_Os05g39590.3LOC_Os05g39590
LOC_Os05g39590.2LOC_Os05g39590
LOC_Os05g39590.1LOC_Os05g39590
LOC_Os03g07830.1LOC_Os03g07830
LOC_Os05g27930.1LOC_Os05g27930
LOC_Os05g27930.2LOC_Os05g27930
LOC_Os05g27930.3LOC_Os05g27930
LOC_Os05g27930.4LOC_Os05g27930
LOC_Os08g45110.1LOC_Os08g45110
LOC_Os01g07120.2LOC_Os01g07120
LOC_Os01g07120.1LOC_Os01g07120
LOC_Os05g28350.1LOC_Os05g28350
LOC_Os06g07030.1LOC_Os06g07030
LOC_Os04g55520.1LOC_Os04g55520
LOC_Os10g22600.1LOC_Os10g22600
LOC_Os06g11860.1LOC_Os06g11860
LOC_Os02g51670.1LOC_Os02g51670
LOC_Os09g20350.1LOC_Os09g20350
LOC_Os08g31580.1LOC_Os08g31580
LOC_Os03g09170.1LOC_Os03g09170
LOC_Os04g44670.1LOC_Os04g44670
LOC_Os02g42585.1LOC_Os02g42585
LOC_Os05g49700.1LOC_Os05g49700
LOC_Os04g57340.1LOC_Os04g57340
LOC_Os02g09650.1LOC_Os02g09650
LOC_Os06g47590.1LOC_Os06g47590
LOC_Os02g06330.1LOC_Os02g06330
LOC_Os04g52090.1LOC_Os04g52090
LOC_Os05g41780.1LOC_Os05g41780
LOC_Os01g58420.1LOC_Os01g58420
LOC_Os06g42990.1LOC_Os06g42990
LOC_Os07g47330.1LOC_Os07g47330
LOC_Os08g07700.1LOC_Os08g07700
LOC_Os04g32790.1LOC_Os04g32790
LOC_Os02g32040.1LOC_Os02g32040
LOC_Os05g25260.1LOC_Os05g25260
LOC_Os07g12510.1LOC_Os07g12510
LOC_Os03g60120.1LOC_Os03g60120
LOC_Os06g06540.1LOC_Os06g06540
LOC_Os01g12440.1LOC_Os01g12440
LOC_Os01g46870.1LOC_Os01g46870
LOC_Os12g39330.1LOC_Os12g39330
LOC_Os07g38750.1LOC_Os07g38750
LOC_Os07g10410.1LOC_Os07g10410
LOC_Os06g08340.1LOC_Os06g08340
LOC_Os02g55380.1LOC_Os02g55380
LOC_Os04g56150.1LOC_Os04g56150
LOC_Os06g40150.1LOC_Os06g40150
LOC_Os02g10760.1LOC_Os02g10760
LOC_Os03g08490.1LOC_Os03g08490
LOC_Os03g08500.2LOC_Os03g08500
LOC_Os03g08500.1LOC_Os03g08500
LOC_Os03g22170.1LOC_Os03g22170
LOC_Os07g47790.2LOC_Os07g47790
LOC_Os07g47790.1LOC_Os07g47790
LOC_Os05g29810.1LOC_Os05g29810
LOC_Os03g08460.1LOC_Os03g08460
LOC_Os03g08470.3LOC_Os03g08470
LOC_Os03g08470.2LOC_Os03g08470
LOC_Os03g08470.1LOC_Os03g08470
LOC_Os01g21120.1LOC_Os01g21120
LOC_Os07g42510.1LOC_Os07g42510
LOC_Os09g26420.5LOC_Os09g26420
LOC_Os09g26420.2LOC_Os09g26420
LOC_Os09g26420.1LOC_Os09g26420
LOC_Os09g26420.3LOC_Os09g26420
LOC_Os09g26420.4LOC_Os09g26420
LOC_Os06g09390.2LOC_Os06g09390
LOC_Os06g09390.1LOC_Os06g09390
LOC_Os02g54160.2LOC_Os02g54160
LOC_Os02g54160.1LOC_Os02g54160
LOC_Os09g11480.2LOC_Os09g11480
LOC_Os09g11480.1LOC_Os09g11480
LOC_Os09g11460.2LOC_Os09g11460
LOC_Os09g11460.1LOC_Os09g11460
LOC_Os12g41060.1LOC_Os12g41060
LOC_Os12g41030.1LOC_Os12g41030
LOC_Os10g25170.1LOC_Os10g25170
LOC_Os08g27220.1LOC_Os08g27220
LOC_Os10g30840.1LOC_Os10g30840
LOC_Os04g18650.1LOC_Os04g18650
LOC_Os03g05590.1LOC_Os03g05590
LOC_Os05g41760.1LOC_Os05g41760
LOC_Os05g49010.1LOC_Os05g49010
LOC_Os09g39810.1LOC_Os09g39810
LOC_Os08g44960.1LOC_Os08g44960
LOC_Os02g38090.1LOC_Os02g38090
LOC_Os03g64260.1LOC_Os03g64260
LOC_Os07g22770.1LOC_Os07g22770
LOC_Os07g22730.1LOC_Os07g22730
LOC_Os09g39850.1LOC_Os09g39850
LOC_Os05g37640.1LOC_Os05g37640
LOC_Os04g46220.1LOC_Os04g46220
LOC_Os02g43790.1LOC_Os02g43790
LOC_Os01g54890.1LOC_Os01g54890
LOC_Os10g41330.2LOC_Os10g41330
LOC_Os10g41330.1LOC_Os10g41330
LOC_Os02g43820.1LOC_Os02g43820
LOC_Os04g46250.1LOC_Os04g46250
LOC_Os04g46240.1LOC_Os04g46240
LOC_Os08g42550.1LOC_Os08g42550
LOC_Os04g32620.1LOC_Os04g32620
LOC_Os02g32140.1LOC_Os02g32140
LOC_Os02g34270.1LOC_Os02g34270
LOC_Os02g34260.1LOC_Os02g34260
LOC_Os04g34970.1LOC_Os04g34970
LOC_Os11g06770.2LOC_Os11g06770
LOC_Os11g06770.1LOC_Os11g06770
LOC_Os05g36100.1LOC_Os05g36100
LOC_Os01g64790.1LOC_Os01g64790
LOC_Os02g52670.1LOC_Os02g52670
LOC_Os09g28440.1LOC_Os09g28440
LOC_Os08g36920.1LOC_Os08g36920
LOC_Os04g55560.3LOC_Os04g55560
LOC_Os04g55560.2LOC_Os04g55560
LOC_Os06g43220.1LOC_Os06g43220
LOC_Os05g03040.1LOC_Os05g03040
LOC_Os05g03040.3LOC_Os05g03040
LOC_Os05g03040.2LOC_Os05g03040
LOC_Os07g13170.2LOC_Os07g13170
LOC_Os07g13170.1LOC_Os07g13170
LOC_Os03g60430.2LOC_Os03g60430
LOC_Os03g60430.1LOC_Os03g60430
LOC_Os06g05340.1LOC_Os06g05340
LOC_Os05g45954.1LOC_Os05g45954
LOC_Os09g25600.1LOC_Os09g25600
LOC_Os08g34360.1LOC_Os08g34360
LOC_Os12g03290.1LOC_Os12g03290
LOC_Os11g03540.1LOC_Os11g03540
LOC_Os01g59780.1LOC_Os01g59780
LOC_Os05g32270.1LOC_Os05g32270
LOC_Os11g19060.1LOC_Os11g19060
LOC_Os01g67410.1LOC_Os01g67410
LOC_Os06g44750.1LOC_Os06g44750
LOC_Os04g55970.2LOC_Os04g55970
LOC_Os04g55970.1LOC_Os04g55970
LOC_Os04g42570.1LOC_Os04g42570
LOC_Os02g40070.1LOC_Os02g40070
LOC_Os03g07940.1LOC_Os03g07940
LOC_Os03g12950.1LOC_Os03g12950
LOC_Os07g03250.1LOC_Os07g03250
LOC_Os03g56050.1LOC_Os03g56050
LOC_Os03g19900.1LOC_Os03g19900
LOC_Os08g07440.1LOC_Os08g07440
LOC_Os02g51300.1LOC_Os02g51300
LOC_Os10g26590.1LOC_Os10g26590
LOC_Os03g06920.1LOC_Os03g06920
LOC_Os02g29550.3LOC_Os02g29550
LOC_Os02g29550.2LOC_Os02g29550
LOC_Os02g29550.1LOC_Os02g29550
LOC_Os08g41030.1LOC_Os08g41030
LOC_Os05g47650.1LOC_Os05g47650
LOC_Os01g49830.1LOC_Os01g49830
LOC_Os01g04800.1LOC_Os01g04800
LOC_Os01g04750.1LOC_Os01g04750
LOC_Os09g13940.4LOC_Os09g13940
LOC_Os09g13940.3LOC_Os09g13940
LOC_Os09g13940.2LOC_Os09g13940
LOC_Os09g13940.1LOC_Os09g13940
LOC_Os01g04020.2LOC_Os01g04020
LOC_Os01g04020.1LOC_Os01g04020