Home General information Database search Download Tree viewer Distribution map Links Contact us  
Rice TF Database
   Transcription Factor Families  ABI3VP1  Alfin-like  AP2-EREBP  ARF  ARR-B  BBR/BPC  BES1  bHLH  BSD  bZIP  C2C2-CO-like  C2C2-Dof  C2C2-GATA  C2C2-YABBY  C2H2  C3H  CAMTA  CCAAT  CPP  CSD  DBP  E2F-DP  EIL  FAR1  FHA  G2-like  GeBP  GRAS  GRF  HB  HRT  HSF  LFY  LIM  LOB  MADS  mTERF  MYB  MYB-related  NAC  OFP  Orphans  PBF-2-like  PLATZ  RWP-RK  S1Fa-like  SBP  Sigma70-like  SRS  TAZ  TCP  Tify  Trihelix  TUB  ULT  VOZ  WRKY  zf-HD   
   Other Transcriptional Regulators  ARID  AUX_IAA  Coactivator_p15  DDT  GNAT  HMG  IWS1  Jumonji  LUG  MBF1  MED6  MED7  PHD  Pseudo ARR-B  RB  Rcd1-like  SET  SNF2  SOH1  SWI/SNF-BAF60b  SWI/SNF-SWI3  TRAF   
  Sequence Information  MSU/TIGR V7 Model MSU/TIGR V7 Locus Family Chromosome 5' End 3' End Alternative Splice Products MSU/TIGR V6 Annotation RAP2 Locus RAP3 Locus NCBI Blast Check/Uncheck All
  Sequence Quality   TE-related EST/cDNA PASA Status Check/Uncheck All
  Orthologs in Plants  Brachypodium distachyon Panicum virgatum Sorghum bicolor Zea mays Arabidopsis thaliana Cucumis sativus Glycine max Medicago truncatula Mimulus guttatus Populus trichocarpa Ricinus communis Vitis vinifera Check/Uncheck All
  Topology  Transmembrane Domain (TM) N-terminal Signal Peptide (SignalP) Chloroplast Transit Peptide (ChloroP) Predicted Subcellular Localization Check/Uncheck All
  Mutants  NIAS Tos17 FST NIAS Tos17 KO Line OTL Tos17 FST OTL Tos17 KO Line UCD Ds FST UCD Ds KO Line OTL T-DNA FST OTL T-DNA KO Line RMD T-DNA FST RMD T-DNA KO Line TRIM T-DNA FST TRIM T-DNA KO Line Postech T-DNA FST Postech T-DNA KO Line Check/Uncheck All
  Digital Northern Data   Total ESTs Anther Callus Endosperm Flower Immature seed Leaf Mixed Panicle Phloem Pistil Root Root tip Seed Seedling Sheath Shoot Stem Suspension cells Unknown Whole plant Check/Uncheck All
  MPSS mRNA Data   NYR NRA NRB NGD NST NYL NLA NLB NLC NLD NME NPO NOS NIP NGS NCA NSR NSL NDR NDL NCR NCL XC00 XC06 XC24 XR03 XR06 XR12 XR24 XR48 XS03 XS06 XS12 XS24 XS48 MR03 MR06 MR12 MR24 MR48 MS03 MS06 MS12 MS24 MS48 MS96 MC00 MC24 I9RO I9RR I9LA I9LB I9LC I9LD I9ME FRO FRR FLA FLB FLC FLD FME PSC PSI PSL PSN PSY PLA PLW PLC Check/Uncheck All
  MPSS Small RNA Data   STM SNU FLR SNM ABA UNT Check/Uncheck All
  Microarray Data   Show Average Heatmap
 Select Heatmap Scale Bar for Single Channel Array: 7,13
 Select Heatmap Scale Bar for Two Channel Array: -1,1 -2,2 -3,3
 Affymetrix 
 Agilent 22K 
 BGI/Yale 
 NSF 20K 
 NSF 45K 
   
MSU V7 Model MSU V7 Locus
LOC_Os12g40080.1LOC_Os12g40080
LOC_Os12g40070.1LOC_Os12g40070
LOC_Os03g42410.1LOC_Os03g42410
LOC_Os03g42370.1LOC_Os03g42370
LOC_Os04g28000.1LOC_Os04g28000
LOC_Os06g42630.1LOC_Os06g42630
LOC_Os04g27990.1LOC_Os04g27990
LOC_Os04g27960.1LOC_Os04g27960
LOC_Os02g38470.1LOC_Os02g38470
LOC_Os01g67830.1LOC_Os01g67830
LOC_Os01g52514.1LOC_Os01g52514
LOC_Os01g52540.1LOC_Os01g52540
LOC_Os03g11370.1LOC_Os03g11370
LOC_Os06g02230.1LOC_Os06g02230
LOC_Os10g17630.1LOC_Os10g17630
LOC_Os07g12820.1LOC_Os07g12820
LOC_Os10g07060.1LOC_Os10g07060
LOC_Os02g25820.1LOC_Os02g25820
LOC_Os01g51610.1LOC_Os01g51610
LOC_Os01g13300.1LOC_Os01g13300
LOC_Os07g17230.1LOC_Os07g17230
LOC_Os07g08600.1LOC_Os07g08600
LOC_Os07g08540.1LOC_Os07g08540
LOC_Os07g08530.1LOC_Os07g08530
LOC_Os08g06120.1LOC_Os08g06120
LOC_Os06g01860.1LOC_Os06g01860
LOC_Os12g06080.1LOC_Os12g06080
LOC_Os11g05740.1LOC_Os11g05740
LOC_Os10g39190.1LOC_Os10g39190
LOC_Os03g02900.1LOC_Os03g02900
LOC_Os04g49230.1LOC_Os04g49230
LOC_Os02g45850.1LOC_Os02g45850
LOC_Os07g37610.1LOC_Os07g37610
LOC_Os07g48200.2LOC_Os07g48200
LOC_Os07g48200.1LOC_Os07g48200
LOC_Os01g68370.1LOC_Os01g68370
LOC_Os01g68370.4LOC_Os01g68370
LOC_Os01g68370.3LOC_Os01g68370
LOC_Os01g68370.2LOC_Os01g68370
LOC_Os08g01090.2LOC_Os08g01090
LOC_Os08g01090.1LOC_Os08g01090
LOC_Os04g58010.1LOC_Os04g58010
LOC_Os04g58000.1LOC_Os04g58000
LOC_Os03g42280.1LOC_Os03g42280
LOC_Os03g42280.2LOC_Os03g42280
LOC_Os03g42290.1LOC_Os03g42290
LOC_Os03g06850.5LOC_Os03g06850
LOC_Os03g06850.4LOC_Os03g06850
LOC_Os03g06850.3LOC_Os03g06850
LOC_Os03g06850.2LOC_Os03g06850
LOC_Os03g06850.1LOC_Os03g06850
LOC_Os03g42240.1LOC_Os03g42240
LOC_Os03g42250.1LOC_Os03g42250
LOC_Os03g42230.1LOC_Os03g42230
LOC_Os08g23570.1LOC_Os08g23570
LOC_Os08g23470.1LOC_Os08g23470
LOC_Os12g40120.1LOC_Os12g40120
LOC_Os12g40090.1LOC_Os12g40090
LOC_Os03g42430.1LOC_Os03g42430
LOC_Os03g42420.1LOC_Os03g42420
LOC_Os05g40280.1LOC_Os05g40280
LOC_Os06g09420.1LOC_Os06g09420
LOC_Os03g08620.1LOC_Os03g08620
LOC_Os11g09160.2LOC_Os11g09160
LOC_Os11g09160.1LOC_Os11g09160